对于下一步的行动，丁启睿和左良玉、杨文岳之间发生了分歧——丁启睿因为是督师，要对崇祯负责，因此主张立刻趁兵力优势，士气又还可以的时候倾全力渡河进攻，一举击溃闯军；而左杨二人则一心想保存实力，说“流寇”兵力众多，且已布好营垒，主动进攻很难奏效，不如隔河对峙，等他们粮食耗尽，自然撤兵，到时候可以最小代价解开封之围。丁启睿既没嫡系部队，性格又懦弱，只有一把破尚方宝剑，却根本不敢使。就这样，由于指挥部的意见不一，明军的行动停滞了下来。
其实，此时李自成的处境也不妙。由于全军南下迎击援汴兵团，导致后方空虚，阎李寨大营里储存的粮草几乎无人守卫，开封守军趁机出城抢粮，让闯军的物资损失惨重。而涡河南岸的明军人多势众，又抱成一团，一时间也啃不动。对峙时间一长，粮草必然耗尽，而闯军军中有数十万随军的老弱妇孺，到时候想撤退都困难。
在经过反复思虑之后，李自成想出了一条锦囊妙计。
五月十六日，他下令将涡河上游的贾鲁河河道堵塞，同时在贾鲁河北岸重挖一条河道，引到朱仙镇。闯军数万人一起行动，两天时间就完成了工程。
这一下，涡河南岸的明军就陷入了困境。
此时已到盛夏时节，骄阳似火，连日高温。由于贾鲁河断流，下游的涡河很快趋于干涸，只剩下一点河床里的泥水。明军十八万大军，还有骡马数万匹，现在涡河一干涸，明军人畜饮水很快就成了问题。没两天工夫，营中基本上就断水了。只有几个主帅每天还能有点水喝，下面的官兵连河床里的泥浆都难喝上一口了。而在闯军这边，有贾鲁河的水供应，不但喝水不成问题，甚至还可以洗澡洗衣服。
如果当初明军能坚决拿下朱仙镇，就不会有这样的困境了。但是，世上没有后悔药。
眼看成了这种局面，明军上下人心浮动，士气日益低落。
到了五月二十二日，一个偶然事件的发生，导致战局的彻底崩盘。
这一天，左良玉军中的几十匹马放到远处寻找水源，结果不小心跑到了丁启睿的营中。左良玉派人去索回马匹，结果却被丁启睿的部下给顶了回去。这下彻底激怒了本来就看不上丁启睿的左良玉。当天深夜，左良玉擅自下令全军脱离战场，向南撤退回自己的大本营——襄阳。
左良玉军的突然撤退，一下让本就因高温缺水而人心惶惶的明军心态彻底崩了。丁启睿得到消息，完全慌了手脚，想来想去，决定也跟着跑路。杨文岳听说左、丁都跑路了，当然也不愿留下当炮灰，马上也下令全军撤退。他手下的虎大威、方国安、杨德政等几个总兵眼看局面已无法挽回，只得也各自指挥属下撤退。
就这样，十八万明军在黑暗中开始了逃跑大赛，人挤人，马撞马，秩序和建制不复存在，只剩下了咒骂、践踏和火并，遍地都是丢弃的兵器、盔甲、旗帜和辎重车辆。只有通州副总兵姜名武坚持不撤，带所部千余人坚守在汛地，最后被闯军围攻，全部战死。
二十三日天亮时分，李自成已得到了明军全线撤退的消息，马上下令全军出击，追杀明军。明军此时已完全没有纪律可言，在闯军追杀之下几乎毫无抵抗之力，一路横尸遍野，“丧马骡七千，将士数万”，丁启睿在混乱中连崇祯赐予的督师印信和尚方宝剑都丢了，十八万人的援汴兵团完全崩溃。五月二十五日，闯军再次进围开封。
朱仙镇惨败的消息传来，崇祯龙颜大怒，他首先下令将丁启睿逮京问罪，又下令将杨文岳“褫官待勘”。然而对率先逃跑导致全军崩溃的第一责任人左良玉，崇祯却选择了轻轻放过，只给了个降三级的不痛不痒的处理。
这是因为在洪承畴所率的兵团覆灭之后，左良玉部已经成了整个大明朝最大的一个军事集团，即使高高在上的崇祯也不得不顾忌这个军事集团的能量。如果对左良玉痛下杀手，引起左部哗变甚至叛乱，自己根本无力压制。
最后被送上刑场当“替罪羊”的是总兵杨德政。而事实上，老杨一直到五月二十二日的夜间还在率军“鸣炮夜战”，直到看到其他各路人马都跑了，他才无奈跟着逃跑。只因他兵力最少又没有靠山，才成了唯一一个被斩的“替罪羊”。
如此处理结果，只会让人心更加不服，局势更加恶化。
丁启睿下了大牢，那谁来接替他的督师位子呢？
崇祯想来想去，又想到了一个关在狱中的人——因党争而下狱七年的原任户部尚书侯恂。
在崇祯看来，侯恂出任督师有两个优势，其一是侯家在河南颇有声望，侯恂为了本乡本土也肯定会尽心竭力；其二是侯恂曾经救过左良玉的命，不管怎么说老左也会给他几分面子。
六月十八日，诏狱囚犯侯恂突然被赦免，并被任命为督师，挂兵部右侍郎衔。
从傅宗龙到孙传庭再到侯恂，一个个能臣干吏变成了囚犯，又从囚犯变成了总督、督师，大明朝政治生态的恶化程度可见一斑。
侯恂接到圣旨的时候，整个人完全是懵逼状态。他完全没想到，自己一个劳改犯，怎么一下就成了督师，而且自己以前只是个管钱的户部尚书，根本没搞过军事，让自己去指挥打仗，这不扯淡么？
但圣命难违，侯恂也只好硬着头皮接过了督师的印信。这一情形跟当初汪乔年上任又是何等相似。
侯恂上任后没几天，就给崇祯上了个折子。折子里说，闯贼一胜傅宗龙，二胜汪乔年，三又大胜朱仙镇，朝廷的精兵不是战死了就是变成了闯贼的部下。就眼下的实力对比来说，要想正面硬刚消灭闯贼是不现实的。臣以为不如暂时放弃河南，令孙传庭坚守潼关，令左良玉坚守襄阳，令凤阳、山东、山西、北直隶等省各守要冲，防闯贼流窜。闯曹二贼联兵五六十万，骡马不下十万匹，人吃马嚼，一天就得上百万斤粮草。河南连年灾荒，又加上不停打仗，早就残破不堪了。时间稍微一长，不用咱们打，流寇粮草就接济不上了。到时候再让孙传庭出潼关、左良玉出襄阳，两路夹击，定可获全胜。
应该说，老侯的这个建议虽然有怕打仗的因素，但还是颇有眼光的。然而折子递上去却遭了崇祯一顿臭骂——你身为督师，不想着如何谋划打败闯贼解开封之围，却让朕直接让出河南给闯贼，那开封怎么办？开封城中的周王怎么办？少给朕出这种馊主意，马上给我想办法解开封之围。
老侯被臭骂一顿，没辙，只好拼着自己的老脸给左良玉去信，要他赶紧率兵再次北上解开封之围。左良玉五月份刚刚在朱仙镇大败，人马损失了不少，这会儿打死他也不可能再冒险出战了。但于公老侯是督师，于私老侯是救命恩人，不管怎么样也得给点儿面子。于是老左眼珠一转，想出了个主意——他给侯恂回复说，恩公调遣，我一定奉命出兵。只是我手下有三十万人马，还请恩公想办法帮忙筹措这三十万人马的粮饷。
老侯一看老左这回复，头都大了，赶紧给老左去信，说我穷，筹不了这么多粮饷，您别来了。老左一看，行了，那我可就不来了。
左良玉这边搞不定，孙传庭那边也吃了瘪。
六月二十四日，巡按御史苏京被崇祯任命为监军，监督陕西各镇，并赐尚方宝剑。苏京一到任，就拿着圣旨压孙传庭，要老孙立刻率秦军出潼关，解开封之围。老孙说，我这儿刚到任才三个月，手里要啥没啥，现在出关去硬钢闯贼，不是送人头么？因此以“粮饷尚未齐备”为理由，拒绝了征调的命令。
老左老孙都拒绝出兵，侯恂这个督师一筹莫展。儿子侯方域本来留在帐前为老爸当参军，还想着要建功立业一番，结果一天天的也没事可干，最后干脆辞职走人了。留下侯恂天天愁眉苦脸地站在黄河北岸，遥望南岸的开封城长吁短叹。
而此时的开封城，已经在长久的围困下陷入了巨大的灾难之中。曾经繁华富庶的开封，正在变成一座惨绝人寰的人间地狱……