石匠连夜赶制了十二个牌位，刻上十二名烈士姓名。
忠烈祠石碑，由朱由崧题字篆刻。
左首题：苦偕惨听闻烈字坚贞，实为汉梨天下少；
右首题：雪仗标青史衷心无畏，堪比和壁世间稀。
朱由崧进香祭酒，先祭天地，然后英烈牌位入驻，乐队奏曲，升
上国旗，默哀三分钟，致悼词，锦衣卫的仪仗队鸣枪，收队。
朱由崧亲自主持，展示新式祭奠仪式，展现朱由崧及朝廷对英雄的尊敬，给予英雄荣誉，不断击发朝臣及百姓对大明的爱国主义精神，比以前的帝王用儒家思想来统治驾驭群臣效果好上百倍。
户部钱谦益被抓，人心惶惶。礼部姜日广要坚持按旧制祭奠，也没人支持，就按朱由崧的流程来做了。
朱由崧的兵权、人事、财政，逐步各项权力抓到手中。
接下来，由兵部宣布授予牺牲将士荣誉称号，颁发抚恤金，由军人事务所派员将奖章抚恤金下发送到阵亡将士家属手上，
朱由崧颁布的军人抚恤金达到惊人的100两，家属每月还能领1两银子，达180个月。阵亡将士家属一辈子不愁吃喝了，但是只给荣誉金钱，不给官职待遇，这样，家属也不能走后门，不能仗势欺人。
英烈入忠烈祠仪式完成，朱由崧带领群臣回到英武殿，继续讨论满清奸细及钱谦益投敌之事。
锦衣卫及东厂陆续回报，合计抓获以宁完我为头的满清奸细六十二人，录得口供三十五份；抓获钱谦益全家上下一百五十三口，查封钱府，待皇上下旨抄家；扬州尚未收到奏报，预计明日扬州方面就会有消息回来。
朱由崧下旨查抄钱府，钱谦益在常熟、扬州等各地家产一律查抄；凡涉及投敌的相关人员，不论官居何职，一律查办。
命令朝廷各关隘加紧盘查过往人员，命令南京、扬州两城明日开城，恢复正常往来。
“皇上，臣认为不可急着开城。一旦开城，漏网之鱼不就乘机逃出南京，向满清报信去了。”马士英急忙道。
朱由崧道：“无妨，南京的消息，防是防不住的；就如满清bj的事，我大明也能略知一二。城门关着，百姓怎么活？开门，加紧盘查就是了。”
朱由崧的新军建成，就有与满清硬抗的实力了。关门，经济就会受损。因此，明天就开城门，不能拖。
马士英紧说道：“户部负责管理国家的钱粮财物，如今钱谦益因涉嫌奸细案件被逮捕，户部不能一天没有主事之人！恳请陛下另外选派一位能够胜任之人来担任这个职务。”
朱由崧听了之后点了点头，同意马士英的提议，道：“户部的责任重大，然而这次奸细案竟然牵涉到了朝廷中的高级官员，看来有嫌疑的人不在少数啊。所以，就由马爱卿你来出任户部尚书一职吧，同时还兼任财政部长。至于兵部那边，则暂时先空着，等找到合适的人选后再另行任命。”
听到皇帝的这番话，众位大臣都没有提出任何反对意见。然而，那些曾经和满清暗中有来往的官员们，此时却在朝堂上面色呆滞，仿佛变成了木头人一般，其中便包括保国公朱国弼在内。这下可麻烦大了，犹如困兽一般。
而马士英则因为得到了皇帝的信任和重用，心情格外舒畅，脸上也露出了得意的笑容。