朱由崧懂马士英心态，知道的人越多越好，人越多，马士英越安全，朱由崧就不能杀人灭口。
马士英也懂朱由崧想法，知道的人越少越好，人越少，把知情者一杀，朱由崧还能当南明的皇帝。
其实，朱由崧断定这个太子是假的，倒也不怕他来抢皇帝宝座。但是真太子也好，假太子也好，只要杀了，都是真太子。别人都会认为朱由崧杀太子是为了自己的皇帝座位，你是百口莫辩的。
不杀吧，总有人要抬出太子来闹事，真不好办。
于是，朱由崧命马士英主审太子案，但人员范围限于内阁、东厂与锦衣卫，任何泄密者斩。
朱由崧不惧马士英会借此机会对自己进行要挟，毕竟他对于明末时期的那段历史可谓是了如指掌。
只要那个所谓的“太子”在审讯过程中暴露出任何破绽，朱由崧便能够轻易地否定其身份，并给对方定下一个“假冒太子”的罪名。
但朱由崧并没有打算将这个冒牌货处死，而是计划在适当的时候将这起案件刊登在《大明周报》上，随后将其流放至遥远的南洋地区，好生供养着。如此一来，朱由崧不仅能够落下一个善待他人的好名声，同时还可以避免因错杀无辜而引发不必要的麻烦。
紧接着，朱由崧召见了内阁大臣史可法、张慎言、姜日广、高宏图等人，以及魏国公徐弘基等权贵，向他们详细阐述了有关太子之事。
朱由崧下令由马士英担任主审官，卢九德和王世德则被任命为陪审官员，共同负责审理这起太子案。
对于这样的安排，马士英自然感到十分欣喜。一方面，这表明朱由崧对他充满信任；另一方面，通过参与此案的审判，马士英得以掌握一些不为人知的秘密，从而有更多筹码可以用来要挟朱由崧，进而巩固自己的地位。
这个案子也就旷日持久下去了，有脑子的人怎么会认作是真太子呢？有心机的就会时真时假，看环境来扰乱审理过程，以图对自己有利的时机来得到好处。
朱由崧于是乔装打扮，与马士英、卢九德等一起去东厂监狱秘密提审了太子。
崇祯太子朱慈烺，是明思宗朱由检嫡长子，15、6岁，长得白白净净，面露风霜，自李自成攻破bj后，太子流离颠沛吃尽了苦。
朱由崧问：“你是皇太子朱慈烺？”
朱慈烺泣曰：“吾乃东宫太子朱慈烺也。”
朱由崧问了其出生年月，生母乳名，宫中伺候太监、宫女等等情况，朱由崧均一一作答，毫无破绽。
朱由崧问明光宗潜邸做太子时的宫殿叫什么？太子回叫慈庆宫。朱由崧问他是否搬入慈庆宫，太子回道未曾入住。
“慈庆宫是否改名？”朱由崧继续问。
朱慈烺回答道：“从未曾改过名！想当年，父皇本打算让我在大婚之后搬入慈庆宫居住。然而，那可恶的阁臣蒋地璟却以天寒为由，表示要等到来年春天才能搬迁。正因如此，我才未能如愿搬进慈庆宫呢。”
原来这慈庆宫后来被改作了端本宫，但由于朱慈烺始终未能入住其中，因此这个改名之事鲜为人知。
而当李自成和满清相继入京后，更是无人知晓这段历史，大家依旧称其为慈庆宫。
如此一来，朱慈烺刚才所言便出现了破绽，这位所谓的太子必定是冒牌货无疑！朱由崧对此并未多言，只是接着又问了些其他问题，然后便起身离去。
临行前，他特意嘱咐马士英要将这次提审的记录一字不落、原原本本地呈送给自己亲自过目。