南京城城门已闭，东厂于鸡鸣寺中查获大量金银珠宝，另有部分尚未寄出之大明情报，且抓捕若干满清细作。
根据现场口供及既有线索，在城内搜捕满清奸细。满朝文武尚不知情，已有多个朝廷大臣的家遭锦衣卫围困。
马士英、阮大铖、张慎言等人，听闻这情景，匆忙入宫面圣。
马士英道：“陛下，听闻锦衣卫全城搜捕建奴奸细，且已拿获钱谦益钱阁老，此事当真？”
朱由崧道：“诚然，钱谦益通敌，向建奴传递情报，罪大恶极。待锦衣卫查清后，送三法司审判。南京城内建奴奸细众多，当封闭城门三日，以肃清奸细。扬州城今日亦开始抓捕奸细。”
众人闻听抓捕奸细，有者惊慌，与满清奸细并无关联者则坦然处之。
满清奸细也曾找过马士英，虽被马士英断然拒绝会面，但是马士英内心也有些慌。
“臣还有机密要事，需到后殿禀报陛下。”马士英道。
“哦？”朱由崧有些意外，朱由崧现在也不想扳倒马士英。
于是叫上卢九德，一起退到后殿。
马士英道：“陛下，太子朱慈烺到了南京，不知真假，臣请皇上定夺。”
朱由崧一惊，心想：“历史上，南太子案发生在1645年弘光元年，现在提早发生了？”
朱由崧问：“太子现在何处？”
“回皇上，昨日有人到臣的府上，自称东宫太子。臣不敢怠慢，仔细询问，不辩真假。现羁押于密室，臣不敢让旁人知道。”马士英回道。
朱由崧甚是满意，马士英做事还是比较缜密。
东宫太子现世，那是非同小可之事。如果是真的，那朱由崧就得禅让于太子。如果是假的，假太子也能大旗一挥，号令天下无数臣民。因为老百姓也不知真假，被忽悠起事是经常发生的。
即使是假的，也能让朱由崧小朝廷乱上一阵子。
按历史记载，朱由崧断定现身南京的太子是假的。
历史上有几种说法：被李自成挟持去了陕西；被吴三桂挟持去了山西；被吴三桂献于多尔衮，后被多尔衮杀了；李自成入京后，太子南逃。
第一种可能最大，被李自成挟持在陕西，怎么可能让太子南逃到南京呢？如果太子独自南逃，早就到南京即位了，还等朱由崧在南京即位？
因此，朱由崧断定现在这个太子是假的，而且多半是多尔衮派来扰乱南明政权的。
朱由崧命卢九德到马士英府上提人，秘密羁押在东厂大牢，任何人不得泄漏出去，违者立斩。
朱由崧问马士英如何处理此事？
马士英提议，当召集朝廷重臣及南逃的bj太监宫女锦衣卫前来辨认。
朱由崧道：“事关重大，不能牵涉太多人员，否则后患无穷。”