朱由检得知外城陷落的消息后，欲召总督京营的襄城伯李国祯率三大营护驾，太监报告这些兵已经溃散，劝他快逃。
朱由检带着太监登上紫禁城后的煤山（又称万岁山、万寿山，今景山）眺望，难以脱身，便下山回到乾清宫，与周皇后等嫔妃举()
行最后的酒宴，要求她们自尽。
挥剑砍向长平公主和昭仁公主，前者被砍断手臂而昏厥，后者当场死亡，又派人到各宫催促懿安太后及西李自尽。
朱由检最后，他与王承恩登上煤山，在一棵树上自缢，王承恩也相对自缢。据说朱由检临终前徘徊许久，感慨群臣中没人陪他，又自我安慰说群臣不知道自己行踪，然后才自缢。
朱由检自缢当天上午，全城投降，李自成进入皇城，发现周皇后等女眷的遗体，三名皇子也被太监栗宗周、王之俊出卖而成了俘虏，但未发现朱由检的去向。
直到三月二十日，朱由检的遗体才被发现。他身穿蓝色道袍，披头散发，遮住了脸，右脚穿着袜子和红方舄，左脚赤脚，胸中背心有带血遗诏“任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人”。
朱由检自谓“朕非亡国之君”，将亡国归咎于“诸臣误朕”，后世亦不乏对他的同情与肯定。然而也有观点认为，朱由检志大才疏，存在刚愎自用、急躁多疑等性格缺陷，对明亡负有不可推卸的责任。
朱由检的遗体被运至东华门外，与周皇后的遗体放在一起，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之”。
其后，李自成在明朝太监王德化等的请求下，用较好的棺材重新收殓朱由检夫妇的遗体，四月初三日埋在田贵妃墓中，只有太监和百姓为朱由检送葬。
崇祯十七年，五月，清军入关，摄政王多尔衮宣布为朱由检发丧三天，为此需要拟定庙号和谥号。这项任务被交给李明睿，李明睿拟庙号为“怀宗”，谥号“钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈端皇帝”，陵号“思陵”。
同时唐王一脉的南明弘光政权也在六月给朱由检上了“思宗”的庙号及“绍天绎道刚明恪恭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝”的谥号。
而李自成与吴三桂、多尔衮于山海关开战，不幸战败，于后金顺治二年在通山一带被杀，享年40岁。
吴三桂了然于心。从此以后，再也不提什么“复君父之仇”，而是望风转舵，称崇祯帝为“故主”，反复表白自己“矢忠新朝”了。在此期间，吴三桂为自己和部属大量请求封赏，清廷无不应允。
由于吴三桂专制滇中十四年，吴三桂自称“周王”元年。其将吴应麒陷岳州，岳州之战爆发。
康熙十七年，衡州酷热，吴三桂加之心情不舒，焦虑过重，肝火过盛，便突然得了“中风噎嗝”的病症，随后又添了“下痢”病症，太医百般调治，终不见效。吴三桂便授意心腹大臣，迎接皇孙吴世璠来衡州继位，托付后事。八月十八日深夜，吴三桂在都城衡州病死，只做了五个多月的皇帝。
之后清朝让伟大的华-夏进入近快300年的耻辱。
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