这个时候，明光宗驾崩，明熹宗即位，朝廷里事情正多，而对边疆大臣的议论也开始了，御史冯三元弹劾廷弼八件没有谋略的表现，三件欺瞒皇帝的事，说不把他罢免，辽地终究无法保有。
明熹宗把冯三元的奏章发给朝臣议论，熊廷弼恼火了，上书为自己竭力辩解，并且请求罢官回乡。御史张修德又弹劾他破坏辽阳。熊廷弼更加愤恨，又一次上书自白，说“辽地现已转危为安，为臣却要由生向死了“。于是缴回尚方宝剑，竭力请将自己免职罢官。给事中魏应嘉又弹劾了他，朝廷终于决定准许熊廷弼去职，用袁应泰接替了他。熊廷弼于是上书请求派人来调查。冯三元、魏应嘉、张修德等又连章极论熊廷弼的过失，熊廷弼就请派他三个来核实，明熹宗听从了他的意见。御史吴应奇、给事中杨涟等坚决认为不可以，于是改派兵科给事中朱童蒙前去。等朱童蒙回来上奏，全面陈述了熊廷弼的功绩，最后说:“我进入辽地的时候，士民对他垂泪称道，说几十万生灵都因为廷弼一人才得以保存，他的罪怎么能轻易确定呢?只是廷弼最为陛下所信任，蒲河战役中敌人进攻沈阳，他驱马前往救援，胆量是何等壮大;等看到官兵懦弱，就突然告老还乡去了，这样把皇上对他的大恩置于何处了呢?廷弼功在存辽，些微的成绩虽有可称;但罪在辜负了皇上，根据君臣大义而论，他是无法逃脱罪责的。这就是罪浮于功!“明熹宗因为熊廷弼力保危城，仍打算以后起用他。
在天启元年(1621年)不到一年的时间里，辽东重镇沈阳、辽东首府辽阳相继失陷，袁应泰畏罪自杀，辽河以东全部沦为后金所有。此时，朝廷里大臣们又想起了廷弼。给事中郭巩尽力诋毁他，并连及阁臣刘一燝。等到辽阳失守，河西军民全都奔逃而去，自塔山到闾阳方圆二百余里，荒无人烟，京城为之大为震惊。刘一燝说:“假使廷弼在辽，想来不会弄成这样。“御史江秉谦上书追叙熊廷弼以前防守辽地的功劳，并且把排挤有功之臣说成郭巩的罪过。明熹宗于是对过去弹劾熊廷弼的人加以治罪，冯三元、张修德、魏应嘉、郭巩各贬三级，除掉了姚宗文的官籍。御史刘廷宣论救，也被罢免。于是又下达诏书从家里起用熊廷弼，并且提拔王化贞为巡抚。
同年六月，熊廷弼入朝，首先请停止刚才言官的贬谪，明熹宗不同意。又提出分三方布置的策略:“广宁用马步兵在河上设立壁垒，凭山川形势打击敌人，牵制敌人的全部兵力;天津、登、莱各港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。于是讨论在登、莱设立巡抚，像天津一样，由陶朗先充任;而山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。于是任用廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。廷弼借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。“明熹宗都予以批准。七月，熊廷弼启程时，明熹宗特地赐给他一身麒麟服，四枚彩币，设宴于郊外，派()
文武大臣为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。又派用五千名京营选锋护送他赴任。
折叠经抚不和
在此之前，袁应泰死了，由薛国用代为经略，薛国用因病不能干事。王化贞于是部署将领，沿河设立六所军营，每营设置参将一人，守备一人，各自画地分守。西平、镇武、柳河、盘山等要害地分别设立防哨。此议报上后，熊廷弼不以为然，上书说:“河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁。如果分兵在河上驻守，部队分散力量就弱小了。敌人用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，我军力量必然不支。一营溃败，其他各营就都会败，西平等地的防哨也不能守住。河边只适于设立游击队，轮番出入，使敌人莫知浅深，不该屯聚一处，给敌人乘隙袭击的机会。“奏章交上后，明熹宗下诏表扬了他。恰好御史方震孺也说防河有六条不可靠的地方，王化贞的建议就此作罢了。而王化贞因为自己的计策未被采纳，恨透了，把军事全推托在熊廷弼身上。熊廷弼于是请朝廷警告王化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，王化贞全改名号为“平辽“，辽人很不愉快。熊廷弼说:“辽人又没叛乱，请改为“平东“或“征东“，以快慰辽人的心。“从此以后王化贞与熊廷弼有了矛盾，经略、巡抚不和睦的风声也就传起来了。
天启元年(1621年)八月初一，熊廷弼上书说:“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。“并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。明熹宗马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。梁之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，明熹宗也都同意了。梁之垣正在和有关部门商议兵饷的事，王化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应毛文龙，王化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由熊廷弼在中间调度。命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，最终还是没有出兵。
不久，王化贞上书详述东西两边的情况说:“敌人放弃辽阳不加守备，河东失陷地区的将士日夜盼望官军开到，就抓了敌将来投降。而西部的虎墩兔、炒花都愿意以兵助我。敌人驻守海州的兵力不过两千人，河上只辽地士兵三千人而已。如果派军队悄悄过去夜袭，势在必克。南防的敌军得知辽阳失守一定北归，我军凭借险要的地势来打击他们惰归的军队，可以一举歼灭。“兵部尚书张鹤鸣认为对，上书说机不可失。御史徐卿伯又促成此事，奏请派廷弼进驻广宁，蓟辽总督王象乾移驻山海。正好王化贞又飞章上奏说:“敌人因为官军收复镇江，就驱赶、抢劫周围四卫屯民。屯民现在占据铁山死守，杀伤了敌兵三四千人，敌人把他们围困得更紧了，应该马上前往援救。“于是兵部越发催促进兵。王化贞就在这个月里渡过河去。熊廷弼迫不得已让出山海关，驻兵右屯，而飞章上奏说海州取易守难，不该轻举妄动。王化贞终于无功而回。
王化贞平素不学习军事，轻视大敌，好说大话。文武将吏的规劝一点也听不进去，与熊廷弼尤其抵触得厉害。他妄想投降后金的李永芳会做他的内应，相信蒙古人的话，说是虎墩兔将派援兵四十万，因此想不战而获全胜。一切事务如兵马、甲仗、粮草、营垒等都放置一边不加过问，一意说大话蒙骗朝廷。尚书张鹤鸣很相信他，他有所请无不答应，因此熊廷弼无法实现自己的心愿。广宁有十四万部队，而熊廷弼的山海关上却没有一兵一卒，只是有经略这么个虚名而已。从延绥调来的部队不能作战，熊廷弼请把主帅杜文焕治罪，张鹤鸣却让()
宽恕了他。熊廷弼奏请任用佟卜年，张鹤鸣递上奏章反对。熊廷弼奏请派遣梁之垣去朝鲜，张鹤鸣故意扣发他的饷银。于是两人之间相互怨恨，事事争吵。熊廷弼这个人也器量狭小，刚愎自用，火气一触即发，盛气凌人，朝臣大多都厌恶他。
毛文龙镇江之捷，王化贞自以为立了奇功。熊廷弼说:“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。“送信到京城，竭力批评化贞。朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。熊廷弼又明显地攻击张鹤鸣说:“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。“张鹤鸣这下更加恼恨他了。到九月份，王化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵。熊廷弼说:“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。“后来蒙古军队终于没来，王化贞也不敢进兵了。
当时，熊廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，李永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。王化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应。并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。到十月份，河上结了冰，广宁人认为后金一定渡过河来，纷纷想逃出广宁。王化贞于是和方震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁。张鹤鸣也认为广宁值得担忧，请明熹宗命令熊廷弼出关。熊廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳，于是派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳。又派罗一贯以三千人守西平。又重申他的命令说:“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。“
熊廷弼刚刚部署完毕，王化贞又相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来。廷弼于是上书说:“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的计谋，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。“王化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说:“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧!“并请准许他便宜行事。
当时叶向高掌了大权，他是王化贞成进士时的主考官，很偏向王化贞。等王化贞请求把后金军一举荡平时，熊廷弼上书说:“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。“
这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事。而张鹤鸣笃信王化贞，于是想把熊廷弼拿掉。
天启二年(1622年)正月，员外郎徐大化顺承其意弹劾熊廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事。他们的奏章一并被发给各部，张鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把熊廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好后金军这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧。王化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力()
，让孙得功和祖大寿前往和祁秉忠会合，然后向前去作战。熊廷弼也传令刘渠拔营赴援。正月二十二日在平阳桥遭遇后金军，刚刚交锋，孙得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将罗一贯待援不至，与参将黑云鹤也战死。熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来。当时后金军在沙岭停下来不再向前来。
王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他。江朝栋大声喊道:“事情危险了，请你快走!“王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说:“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢?“
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯。熊廷弼说:“已经晚了。现在只有保护老百姓入关去!“于是把自己所领的五千人交由王化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。正月二十六日熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去。战败的消息传到朝廷，京城为之震惊。张鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
天启二年(1622年)二月，朝廷逮捕了王化贞，罢了熊廷弼的官，让他听候查考。四月，刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋等报上判决书，熊廷弼、王化贞都判了死刑。后来快到行刑时，熊廷弼让汪文言用四万两金子贿赂内廷请缓期执行，后来却违背了四万金的许诺。
魏忠贤大为恼恨，发誓要尽快杀掉熊廷弼。等杨涟等被捕下狱，就诬蔑他曾受过熊廷弼的贿赂，以此加重熊廷弼的罪行。过后，巡捕抓到市民蒋应旸，说他和廷弼的儿子出入监狱内外，阴谋叵测。魏忠贤越发想尽早杀掉熊廷弼，他的党羽门克新、郭兴治、石三畏、卓迈等就迎合他的意思不断催促。恰好冯铨也曾对廷弼失望过，与顾秉谦等在讲筵上侍讲时，就拿出集市上刊印的《辽东传》向明熹宗诬陷廷弼说:“这是熊廷弼自己写的，是他想为自己开脱罪名。“
明熹宗恼了，于是在天启五年(1625年)八月把廷弼杀了，将他的首级在北方的九处军镇辗转示众。后来，御史梁梦环说廷弼侵盗军费十七万两。御史刘徽说熊廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。魏忠贤便矫诏命令严加追赃，熊廷弼家全部资财不够，连亲戚、本家都被查抄。东夏知县王尔玉向熊廷弼的儿子勒索貂裘、珍玩，得不到，就要打人。熊廷弼的长子熊兆珪自杀身亡，熊兆珪的母亲喊冤，尔玉就扒掉她两个丫环的衣裳，打了她们四十板。无论远近知道这件事的人无不叹息、愤恨。
这些事普通百姓不知道，朱由检怎么会不知？