对于李自成来说，所幸的是此时杨嗣昌的全部精力都用于剿灭张献忠和罗汝才了，暂时没空管他这条“咸鱼”，所以才没有死于官军的围剿。
但是，当围困的时间越来越长，因看不到转机而滋生的绝望情绪也在这位彪悍的陕西爷们儿身上不断蔓延。据说，在被困鱼腹山的那段日子里，李自成曾几次想自杀，一死百了，最终还是被手下人拦了下来。
危难时刻，李自成手下的将领们给了他最坚定的支持。大将刘宗敏率先杀掉自己的两个妻妾，其他将领纷纷效法，用这种残酷的手段表达了永远跟着大哥走的态度。李自成终于重燃信心，决心置之死地而后生。在被围了三个多月之后，李自成于六月率仅剩的五十名铁杆兄弟拼死从鱼腹山突围，一路翻过大巴山脉，见到官兵就躲着走，终于趁着左良玉率军西移的空档，在七月间经郧阳府跑回了陕西，躲藏在了商洛山区之中。
到了八月间，张献忠罗汝才联军再入四川，杨嗣昌赶紧从襄阳奔到四川坐镇指挥，注意力全被吸引走了，在商洛山中苦苦煎熬的李自成终于等到了东山再起的机会。他决定一把“梭哈”，集合起身边仅有的几十个弟兄，带着仅存的全部粮草、马匹和兵器，义无反顾地走出了商洛山。在九月间便跑到了河南淅川境内，开始在伏牛山区重新树起了“闯”字大旗。
此时的河南，早已成了人间地狱。自崇祯十二年秋以来，河南降雨奇少，全省大旱，赤地千里。严重的旱灾又引发了巨大的蝗灾，极其恐怖的蝗虫群飞过之后，百姓连可以充饥的树叶、野菜、野果都没有了。
如此惨烈的灾情之下，朝廷非但不大力赈济，反而催征“三饷”，还要追缴以往的“积欠”，官府衙役如狼似虎，鱼肉乡里，更加让地狱中的河南火上浇油。从崇祯十二年冬开始，河南各地到处出现揭竿而起的造反队伍，“土寇”遍地，“流贼”满山，打出来的旗号有“老当当”、“一斗谷”、“瓦罐子”、“一条龙”、“宋江”、“张判子”、“袁老山”等几十路，少的几千人，多的上万人。像郏县的李际遇，旗下人马有五万人之多。而规模最大的是滑县的袁时中，旗下人马更是达到了二十万之众。
人数虽多，但基本都是被逼造反的饥民，他们基本没有什么军事素质，连像样的兵器都没有多少，盔甲马匹更是想都不用想，绝大部分人都是拿着农具、屠宰刀、竹枪甚至棍棒上阵。就算首领们也都是刚开始造反的“菜鸟”，远没有陕西的“资深反贼”们那么经验丰富，战斗力本就一般的河南官军都能对他们动不动打出史诗般的大捷来。
尽管此时的李自成自身的资本已经少得可怜，但他造反十余年、始终不降官府所带来的的名气加成却是无可比拟的。因此当他重新出山的消息一传开，河南各路“反贼”们马上振奋起来，纷纷带着成千上万的部下前来投奔，甘愿做只有几十个人的李自成的小弟。
李自成也很聪明，他知道此时朝廷的主要注意力都在张献忠身上，自己一定要低调行事，闷声发大财，先积攒力量，再去大闹中原。所以，从九月到十二月，他都在忙着收拾豫西山区的乡间土豪，连续攻破了四十八个山寨。不但缴获了大批物资，解决了日益庞大的队伍的吃饭问题，又成功让朝廷没有太注意到他。
到了十二月中旬，李自成的队伍已经从三个月前的几十人剧烈膨胀到了数万人，而且经过他的训练，这些人中已经有了数千能上阵的战兵。到了这时候，李自成终于有了大闹中原的资本了。
十二月二十二日，打着“闯”字大旗的队伍突然出现在了河南府境内的永宁县（今河南洛宁）城下。缺少攻城武器的闯军架设云梯，以“蚁附攻城”的硬核战术强攻县城。永宁城内守军不多，且毫无准备，一番然并卵的抵抗过后，很快被义军攻上城头，拿下了永宁。拿下县城之后，李自成下令将分封在城内的万安郡王朱采轻和宗室成员三百余人，以及抵抗到底的永宁知县武大烈全部处死，并将万安王府的财产全部抄没。对于明皇室而言，如此结局，实属罪有应得。
十二月二十七日，李自成率军又对宜阳县发起攻击。防御力量薄弱的宜阳很快也被攻破，知县唐启泰被杀。随后不到一个月的时间里，闯军又连续攻克了偃师、宝丰、卢氏、新安、灵宝等县城，声威大震，各地“土寇”纷纷跑来加盟。当崇祯十四年到来的时候，“闯”字大旗下已经有了不下二十万人了，其中能上阵的战兵达到了二万人以上。
除了兵力的迅速扩充，李自成多年来最奇缺的智囊团队伍也有了极大的增强。
在攻破宝丰县城的时候，有一位名叫牛金星的人前来投奔李自成。此人乃是宝丰本地人士，家财颇丰，又中过举人，在宝丰当地也算名流人物。可惜和自己的亲家公闹了点矛盾，被人脉很广的亲家公找到官府，以“通贼”的罪名让他蹲了号子，差点被定成死罪。最后老牛散尽家产，到处找人疏通关系才得以免除死罪。命虽然保住了，但老牛对腐败的大明朝已经彻底失去了信心。因此当李自成攻破宝丰时，他就带着儿子牛佺一起投奔了李自成。
牛金星毕竟是文化人儿，一来就给老李提了不少建议——第一，您不能再把自己当“流寇”来看了，“做贼”的心态要改一改，从此以后您得按照准备和老朱家争天下的心态来干事业；第二，要争天下，您就得改掉以前的毛病，不要再到处流窜，抢完就跑了，要想着定都开国，建章立制；第三，要争天下，就得争取民心，不能再随便烧杀抢掠了，得抓军纪，搞宣传，争取百姓的支持。
老李造反都十几年了，第一次听到如此醍醐灌顶的话，思路一下就清晰了。从此，李自成开始了由“流寇”向“帝王”的逐步转变。
为了给老李增强信心，牛金星还给老李介绍了一个江湖术士——宋献策。此人文不能文，武不能武，身形矮小，面容猥琐，但多年走江湖的经历，让他很会洞察人的心理。他一投到李自成帐下，就给老李献上了“十八子主神器”的谶言。“十八子”，对应一个“李”字，意思是李自成将来必要夺取天下。就这一条，便让没啥文化的老李欣喜若狂，信心爆棚，马上拜老宋为军师。
很快，他就要大展拳脚，朝着夺取天下的方向迈出第一步了……