五月中旬胡宗宪被任命为河南、山西、陕西、湖广、四川五省总督去剿灭判军后，带着十万军队一路往河南去赶，可刚过襄阳，就收到消息李隆和起义军已经打破潼关拿下了洛阳。
李隆并老回回、罗汝才、革里眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混十万、过天星、九条龙、顺天王等十三家七十二营起义军在河南荥阳召开荥阳大会
而李鸿基投靠勃拜后一路升到了参将，之后因为勃拜克扣军饷直接带人脱离了勃拜去了汉中拉起了一支几万人的队伍，这次也是跟着起义军一起来到了荥阳开会。
六月初九，李隆被胡宗宪击败，包围在郧[yun]阳山区（隶属于湖北省十堰市）。李隆在黑水峪（今陕西省周至县黑河口）兵败，直接被所杀。
李隆残部碰到了李鸿基，于是李鸿基干脆自称闯王，转战四川、甘肃、陕西一带。
而其他义军看到李隆兵败，于是四散而逃
7月，李鸿基转战湖北、河南大部地区后，拥兵号百万。
遂于襄阳（今属湖北）集议推翻明王朝的作战计划，决定先取关中，再攻山西，然后直逼京师（今北京）。此时，隆庆帝任命胡宗宪为为兵部尚书，调集河南、湖广（约今湖南、湖北）、四川等七省明军约10余万，分进河南，向农民军发动进攻。
李鸿基闻讯，立即改变部署，派兵一部往阌乡（今河南灵宝西）迎战，诱明军主力至河南中部决战。同时，为阻击四川明军进入河南，又在内乡县一带加强防守，掩护翼侧的安全。
七月二十，胡宗宪在朝野催促下率师出征。
农民军佯弱诈败，且战且退，先走洛阳向郏县、襄城转移。孙传庭自以为得计，冒险轻进，八月初八，进抵汝州。适遇农民军都尉李四叛变投降，供出农民军主力及后方屯驻地点。
初十，明军集中全力进攻宝丰，数日不克。胡宗宪恐误战机，亲督诸军破城，击杀农民军州牧陈大河等。
旋又袭陷唐县(今唐河)，尽屠农民军随从眷属。
李鸿基为创造歼敌条件。于襄城依托深沟高垒组织坚守，暂不出战，以疲惫明军；并以轻骑兵一部绕道敌后，袭取汝州西北之白沙，切断明军粮道，致使明军断粮。
十四日，明军攻下颊县，获得骡羊200多匹(只)，分食立尽。接着连下7天大雨，明军饥疲不堪。
二十一日，因为断粮，明后军于汝州哗变。胡宗宪为解决粮饷，分军为三，由白广恩、高杰、陈永福率领，分头行动。
李鸿基乘明军移营之机，于二十三日发起反击，前锋骑兵组成3队，每队720人，向屯于郏县东南的明军发起轮番冲击。
明将白广恩率所部8000人逃往潼关，高杰部迎战农民军失利，损失三、四千人。
胡宗宪仍不甘心失败，企图移师南阳筹粮，寻机再战，留总兵陈永福守城。
胡宗宪一走，陈永福部也急忙撤走。李鸿基亲率主力追杀，及至南阳，胡宗宪会同攻占唐河的明军回军还战。双方展开激战，明军溃退，“火车”、步兵四散奔逃，骑兵向北逃跑，农民军骑兵乘胜猛追，驰驱400里追至孟津，共歼明军4万余人。
胡宗宪仅率少数随从逃过黄河，回守潼关。明总兵陈永福兵败被俘，投降义军。
此战，王崇古、方逢时被农民军的阻挡无法支援。
胡宗宪本欲固守河南几个重要城镇，因在皇帝隆庆和关中官员的催逼下冒险东进.中了李鸿基诱敌出关之计，远离城镇，后勤补给又被切断，使明军丧失了作战能力。农民军以“诱敌出关，然后聚而歼之”的正确作战方针为指导，隐真示假，佯退诱敌；深沟高垒，坚守疲敌；暗出奇兵，断粮困敌；纵骑出击，大量歼敌。最终赢得了决定双方生死存亡的汝州之战的彻底胜利。此战还表明，农民起义军来自人民，深得民心，既可取给于民，同时，因为指挥得当，还可取给于敌；明军则失去了民心士气，全赖官方后勤补给，一旦后勤补给线被切断，大军即不战而溃。
胡宗宪与数千溃兵从孟津渡黄河，由黄河北面经垣曲入潼关，其后各路溃军陆续入关，还剩四万。
方逢时请求退保西安，但胡宗宪表示：“如果闯贼进入潼关，秦人还会为我效命吗？”因此坚守潼关。
十月初八日，隆庆帝命削夺胡宗宪督师及兵部尚书的官衔，并令他“戴罪收拾余兵，扼守关隘，相机援剿，图功自赎”。
这时候大明朝廷已经真正到了存亡之秋，后金逐渐做大，甚至开始针对关外的明军所有据点进行进攻，除了金州、锦州外失陷只是时间问题。而中原地区，河南、湖北大部已经落到起义军手里，并且潼关也在岌岌可危。
十一月，隆庆任命高拱为大学士兼掌吏部，月底李鸿基并其他义军准备攻打直隶进攻京城，同期俺答汗也开始进攻长城一线。
一上任高拱以尚书陈希学、曹邦辅，侍郎王遴各率师背城列阵以待；
京尹栗永禄、南都御史护守山陵；
又起御史刘焘在天津守通粮，任命王崇古为五省总督与蓟辽谭纶专征剿无内顾；
以侍郎戴才理军饷。由于布置周密，防范严谨，蒙古兵未敢入犯。
十月，俺答汗孙子把汉那吉因与祖父发生冲突，率所属阿力哥等十人前来求降。
山西巡抚方逢时、总督王崇古主张受降。奏上，朝议纷然，多以为敌情叵测，不能贸然收留把汉那吉。
高拱与徐阶却一致支持王、方意见，请奏隆庆帝加封把汉那吉为指挥使，并“厚其服食供用”，以诚相待，结得其心，隆庆帝准旨。
接着高拱又命边臣让把汉那吉穿锦衣、坐华车、骑好马，前呼后拥在街市行走。俺答得晓明廷厚待其孙，深受感动，遂决意与明朝和好，请封贡之事。
此议一起，朝廷上下有如鼎沸，反对派援引宋朝讲和之例，力言不可。高拱先利用考察科道之机，将极力反对与俺答汗结好的叶梦熊“降二级，调外任”，以息异议。他又发内阁旧藏明成祖封瓦剌、鞑靼诸王故事，拣发兵部，力主封俺答汗为王，这种将蒙古与中原看成一个整体的观念，比仅图边安的想法又高一筹。高拱批评反对派：“你们这些人喋喋不休，难道是国家筹划轻重厉害吗？徒念重大，恐有不效，留为后言耳！”遂无敢复言者。同年，贵州抚臣告土官安国亨叛，请进剿。高拱不轻信谗言，经深入察查，知“国亨非叛，而巡抚者轻听谗言以幸功也”，便专派员前去安抚释嫌，避免了一场兵戎相加。
十二月，明廷封俺答汗为顺义王，其他各部首领也分别封为都督指挥、千户、百户等有差。准与俺答互市。
时王崇古以该边不同宣、大，不欲通贡互市。高拱拟旨切责。
不久陕西三边也开贡市。几个月之间，边陲晏然，没有一个蒙古人侵扰，边境百姓丢掉戈矛而拿起锄头耕作，关城熄灭烽火可以安枕，从此基本结束了明朝与蒙古鞑靼各部近二百年兵戈相加的局面。