此时的果阿城内只有波多野秀尙的一个营400多人和200多土兵
很快，伊卜拉欣王子指挥他的军队冲过渡口，在果阿岛的东部建立了登陆场。但在继续前进的过程中，遭到重新修缮的城墙体系阻挡。那是由日本工兵改装，非常有利于少量守军填补大部分射击盲区，从而使进攻方很难寻找到合适的突破口。
但印度军队也并非没有成功机会。他们首先在岛屿的外圈构筑营地和封锁线，迫使守军将仅有的4艘战舰都做了分散部署。随后又在果阿主城以东的旷野中建造了大型堡垒，用6000多驻军给城内防御者以巨大威慑，并缓慢开建更多的围攻阵地。只是苦于炮兵火力不足与日本军守备队的顽强，才始终无法打开局面。
而帕纳吉和达伽马城由于城防非常简陋，张信干脆用起了失传已久的壕沟碉堡战术，帕纳吉由于北边是河湾，只有南边只有一个不足2里宽的山坡，战壕挖开后非常适合防御，龙造寺长信的二营和葡萄牙志愿团一共1300多人守在这里
可张信那边却没有多少人去给攻击，于是吉川元春带着2个营800骑兵和江户号从南部直接袭击了印度人的营地
围攻者因惊恐万分而离开城墙附近，退到了6英里以外的堡垒据守。那里不仅是他们的长期营地，更是输送人员或物资的重要浮桥所在地，所以就势必成为对方反攻的重点攻击对象。深知这点的拉苏勒汗，也努力将全军中最为善战的人员都调往那里，不愿轻易承认自己面临失败。甚至还在渡口的两翼构筑栅栏，防止任何船只从水面靠近。
面对这种头重脚轻的部署，伊卜拉欣王子依旧选择用自己的王牌部队充当开路先锋。先后有8000人调来攻击帕纳吉的战壕和栅栏，想彻底把这一千多人困死在这里。同时，还有一支超过5000人的部队从对着果阿进攻，想通过蚁附战术夺了此城。
可果阿的土兵早已被训练为长枪方阵，并配合步兵的重甲步兵和火枪队进行反击。。这也是数量较少的一方，集中火力扫荡多数顽敌的必然选择。
战斗开始后，印度人更多遵循古老传统的步兵蜂拥而至。除了火绳枪与复合弓的散射，也会用盾牌手硬抗最危险的前沿部分。但大部分土兵依旧需要挥刀突击，进而形成对前锋方阵的半包围状态。不过当他们碰到着甲的果阿土兵和骑士团的重甲步兵，这些刚刚人数优势的印度步兵就无法坚持下去。加上很少遇到队列如此缜密的敌人，许多下级武士军官也不知道如何随机应变。
随后骑士团的火枪兵快速射击，直接摧垮了比贾布尔人的战斗意志。除少数人被杀或跳河逃跑，大部分残兵还是只能回到堡垒内部。伊卜拉欣王子也适时地调来重炮，开始轰击土木结构的敌军营垒。加之河道内的比贾布尔的船队步步紧逼，几乎形成了全方位的火力覆盖。
可谁知三河号、伊豆号横在河中直接横了起来把河堵住，比贾布尔的船队对于这样情况直接想冲上去跳帮，但这两艘战舰加一起一共60门火炮直接齐射，7，8艘比贾布尔的船就被继承了，之后三河号依靠更好的舰炮依靠射程、精准度与更为科学的火药配比，将靠近的敌军一个个点名干掉了。
岸上的比贾布尔人却被伊豆号的舰炮轮番轰炸的全线崩溃。
南边的科钦并不是地区内仅有的重要港口。由于古代的航海技术限制，大部分船舶只能在近海的各个港口之间做短距离航行。虽然古希腊人在公元前就发现和利用了印度洋季风，从埃及等地直接航行到印度西部。但这样的快捷航行条件，可遇而不可求。所以，当各地商船云集印度海岸，还是会分散停泊在海岸线上的众多港口补给和贸易。科钦非常不巧地被北面条件与实力更厚的卡利卡特人压在下面。如同现今的孟买一般，当年的卡利卡特无疑是印度西海岸上最重要的港口，在财力、人口和影响力等多方面，力压其他城市。诸如科钦这样的普通港口，就更像是卡利卡特的附属品。
这样的局面一直持续到了1498年，从欧洲西部边陲的葡萄牙远航而来的航海家达伽马，带着他的小型船队，突然造访了卡利卡特。他们带着明确的贸易和联盟目的，来的印度，希望打通从这里直航到西欧的贸易航线。然而，由于带来的贸易的产品太过普通，且基督教信仰与当地占据优势的穆斯林商人团体有着严重对立。最终造成了当地统治者萨摩林对达伽马一行人的敌意。
1500年，卡布拉尔率领的第二支葡萄牙船队抵达了卡利卡特，他们在海岸边建立了贸易站，但贸易站遭到了攻击，卡布拉尔的许多水手被杀。结果，怒不可遏的葡萄牙人发起了欧洲历史上第一次对亚洲城市的炮击。随后，在一名印度人的建议下，葡萄牙第一次来到了更加南方的科钦。一直被卡利卡特压制的科钦人，敏感地察觉到了机会。于是，当年科钦人便开始和葡萄牙人结成联盟，依附于新来的殖民者。
从此，科钦便成为了欧洲早期殖民者们，建立环印度洋帝国的重要棋子。当时还有几个其他城市也一同与葡萄牙人联合起来，但没有一个有科钦这样的条件。
而佐佐成政夺取科钦后就不断修整改善科钦的防御，原本的科钦要塞北西南靠海，东边有一小块不足百米的陆桥连接，东北边有个侧门。之前佐佐成政就是突袭了东北边的侧门进来的，而维贾亚纳加尔首相拉马·拉亚率领3万人亲自来攻击科钦，国王萨达西瓦带着另外3万人作为偏师，攻打另一座小港口奎隆。由于科钦城本身坐落于一座沿海岛屿上，维贾亚纳加尔王国军队为了封锁岛屿，还动员了各类船只260艘之多。
可以说，无论是舰船还是陆军，印度人都有10倍以上的绝对优势。这和当年古希腊人抵抗波斯帝国入侵的温泉关之战有着惊人的相似。因此，此战也被人冠以“葡萄牙人的温泉关”这一称号。
维贾亚纳加尔早在14-15世纪之间就开始接触火器，15世纪便开始能够制造火炮。这一次印度人的军队中一下子多出了数十门火炮。
而他们的军舰的一半都装备了至少2门火炮、5支大型火门枪和25名弓箭手。即便是小型战船，也都至少装备1门小型火炮。这些战船还在船上安装了临时建造的大型木质挡板，并在船体上覆盖了渔网和棉花，用来减轻火炮对船体的伤害。
然而，这些旧式火炮的战斗力不宜过于高估，不久后德里苏丹国被来自中亚的巴布尔打得惨败就是铁一样的证明。印度当时的火器技术，还极为有限。
相比之下，佐佐成政无论是装备、训练和士气都非常高昂。除此之外还有300人的土兵和500人的锡兰士兵但他们建造的要塞是木质结构的，如果遭遇火炮的集中射击，必然抵挡不住。而佐佐成政能用的战舰只有3艘（上总、下总、常陆）