前线大胜，减轻了朱由崧军事上的压力，暂时可以把重心往内政方面移一移。兵权财权掌握在朱由崧手里，不再像崇祯帝要看大臣的脸色，现在是大臣看朱由崧的脸色了。
从扬州回南京，朱由崧马不停蹄，主抓政务和经济。
奸细案：
将南京、扬州的满清奸细一锅端了，全部斩首。这些奸细全是汉人，杀了也不足以平息民愤。
涉嫌官员审理完成。
钱谦益判凌迟处死，抄没家产。男眷送矿场做苦力，老弱病残的送海南农垦，女眷送制衣厂劳动。钱谦益几个小妾送去妓院，柳如是送扬州水绘园作官妓。
保国公朱国弼，判斩立决，寇白门送扬州作官妓，抄没家产。
其余涉案官员，主犯一律斩首，从犯家眷发配南方，家产充公。
东林党人联名请愿，呼吁减轻对钱谦益的罪责，朱由崧不为所动。东林党底层生员有了生路，无需老师举荐、无需科举就能当官，谁还会受鼓动闹事。
东林党党首被除，自此东林党一蹶不振。
魏国公和英国公，涉嫌奸细案，每人摊派200万两保释，否则以通敌罪名处死。两人怕死，乖乖变卖田赋凑够银两上交了。
文教改革：
文化层湎，被文教部的新兴科学知识体系逐渐取代。
取消翰林院、国子监，取消科举，这些是应顾炎武、黄宗羲、王夫之的建议。成立教育部，设立幼稚园、学堂、行业学校、大学等阶梯教育体系；设立考试院、教材司等下属部门；
将数学、物理、化学、天文、地理、逻辑，定义为现代基础科学，按难易程度在不同阶段的学校教授学习。
将医学分为中医学、西医学，分外科，内科分而教学研究。
朱由崧让木匠在自己的指导下做了一个木制人体解剖模型送给医学院；还做了一个产钳送给医学院。
人体结构图的出现，将大大提高大明的医学研究。朱由崧还授意医学院取得死刑犯尸体研究的权力。
产钳能有效降低产妇生产时的死亡率，古代产妇生产那是等于要跨越鬼门关啊，上至皇宫贵妇，下至民间农妇，概莫能外。
做了一个木制球型地图模型，一个太阳系模型送给南京大学。
将声音速度-340米/秒、光速度-30万千米/秒，月亮到地球的距离-38.4万千米，地球质量-60万亿亿吨、周长-4万千米，南北地级，及论证公式，交给南京大学。
做了一个元素周期表，交给大明科学院进行研究。
众人目瞪口呆，这皇帝是太上老君下凡？
朱由崧绘声绘色解释说，洪武大帝看到大明半壁江山没有了，朱氏子孙及大明百姓被贼寇、建奴残杀，棺材板按不住了，天天托梦于他，要朱由崧重振江山、杀贼灭寇，太祖传授了他无数技艺。
众人将信将疑。
汤若望推荐了八名西洋传教士给朱由崧，这八人与明代大科学家徐光启的儿子徐骥交好。
‘哎呦喂’，朱由崧忙乎了大半天，竟然把徐光启给忘了。虽然徐光启已经逝世，但他有儿子、孙子啊。
于是朱由崧立刻任命徐骥为大明科学院科学家，上海特别市市长，官居二品，与史可法联合办公筹建sh市。
徐骥儿子：徐尔爵、徐尔斗、徐尔默、徐尔路，任命为大明科学院科学家，一律加官进爵，并接手上海全部工厂；在上海徐汇，建立教堂；建立教会大学‘圣约翰大学’。