这种大会，有利于新式部门官员相互了解，加深对大明未来发展的理解，增强凝聚力，大家拧成一股绳往前走。
朱由崧给到他们的，是翻天覆地的变革，有如黑夜中的明灯，展示了一个光明世界，需要他们去努力、去争取、去拥有。
最后，朱由崧做了总结。
不要怕没钱，没钱也要干，要往前走。
宋应星等科学家、医学家、工匠等，要敢于实践，不仅要有理论研究，还要做好流程，完善工艺。相关理论，还可以发表在大明周刊上，供大家讨论，总结，纠错。
命令宋应星在75加农炮的基础上，再研发舰炮，舰炮用小轮子。大明的海军要建立了，大明要走向深海，陈为海洋霸主。
工具厂改名为大明标准仪器厂，要做出最精密的工具仪器来。
科举制度要改革了，明年起，大明学子，一年一考，各大学自主招生，择优录取。大学还可以到其它城市独立办校，招收学生。
朱由崧宣布，大明皇帝出资2000两银子，在教育局成立大明皇家奖学金，奖励成绩优异的学生；皇后及后宫嫔妃，出资3000两银子，成立皇后奖学金，资助贫困学生。达官显贵、富商平民均可以捐助，捐助者姓名在《大明周报》公布。
成立大明皇家科学基金，朱由崧捐赠一万两银子。奖励有突出科学成就的人士，由大明皇家科学院审核奖励。
大明开放农工商业，除了朝廷明确禁止的，民间均可从事生产，发布在大明周刊上，并宣布规章律例。
通知大明慈善总会，在皇家剧团演出前，进行慈善义卖活动，义卖大明香水、仕女镜、内衣等物。所得款项，捐赠给军队，用于购买大炮、火枪。参与义卖的，免费观看剧团演出。
新军大营，满装连队全部出征，3个连去安庆，12个连去北方前线。这样，每个前方阵地，均有一个满装营。部队工兵、医疗、后勤物资等一起出发。同时带上3号样炮到前线交给袁枢。
命令在前方济宁，建立烈士陵园；在南京，建立大明忠烈祠，所有为国捐躯者，均在忠烈祠设立牌位，包括在九边牺牲的将士。
接下来，大家在一起讨论当前困难，应对措施，朱由崧还对大家不懂的困惑之处做了答疑。
联合会议整整开了3天，朱由崧命令散会，大家各回岗位，按部就班推进各自本分。
沐天波花了3天时间，就从扬州盐商处筹得60万两银子，威逼利诱，无所不用。其中，还抄了一个盐商的家，将盐商打入死牢，原来是和冒家有勾结的。
朱由崧也该回南京了，此时已是1644年7月底了。回南京，要整饬朝纲，朱由崧要抢有枪，要兵有兵，就不怕马士英要挟了。
杨娥受伤初愈，回到了朱由崧身边。
皇后李娘娘与朱由崧商议，要去杭州。李皇后是杭州人，逃难后与家人失去联系。所以她要去趟杭州老家，看看老家是否还有人在。顺便，她沿途去苏州，松江两府，巡视工、商、学、医，海关税务等的筹办发展情况。有的，就改进；没有的，就赶紧筹办起来。
朱由崧同意皇后南巡，命令带上康盈盈、袁依依、程蓉，沐剑屏负责保卫皇后。
同时，在扬州挑选工匠技工，医生护士等等，带上机器设备，各新部门的委任人员，一行上千号人，登船沿着运河南下。
朱由崧则坐船回南京。