随着朱由崧的新政实施，特别是取消三饷，取消农业税的消息陆续传到各地，百姓对新帝的拥护都提高了，人心逐步又向着大明。北方原本迎接闯王的民众，准备改朝换代的心态被扭转。兵荒马乱的地区，老百姓陆续向南迁徙。
南京、扬州、苏州，两淮一带人口膨胀。
朱由崧命刘成治去北境赈灾，开仓放粮，防止疫情，医护治疗。灾民中，身强体壮愿意当兵的去扬州新兵营选拔留用；老弱病残的，由郑氏集团的郑森组织在淮安上船，去崇明、广东、海南安置屯垦；工匠，如：铁匠、木匠、泥瓦匠等手艺人，被送往南京、扬州留用。
南京城涌入数十万人，不乏北方流亡过来的王公大臣、达官显贵、文人墨客、名士艺伎，更多的是流民兵痞。
朱由崧在南京也等来了数人，有宋应星、宋士慧、宋士意、宋应晶兄弟父子四人，傅山、翟良、汪昂三位医学名家，文有顾炎武，文武兼备袁枢，洋人有汤若望、南怀仁。
朱由崧马不停蹄，分批接见。
首先接见宋应星、汤若望等人。
在汤若望面前，朱由崧也不隐瞒明末民不聊生的现状，将明末王朝的封建弊端、科技的落后阐述了一番。
宋应星是明末科学家，对朱由崧一番阐述深表同意。
朱由崧接着有表述了一下他对接下来的科技发展规划。表示，明末与西方的差距，主要表现在度量衡的差距上，明代工具参差不齐，无法标准化，造成工具落后，生产力发展缓慢。而同期的西方，度量衡精确度非常高，已处于大航海时代，驾着帆船满世界跑，得益于工具标准化。
汤若望最清楚了，明代的工具拿在手里太粗糙，都无法与西方一百年前的工具相比。
朱由崧道：“朕决定请宋爱卿担任大明科学院首席科学家，兼任工部尚书，请汤若望先生、南怀仁先生担任大明科学院外国科学家，请勿推辞。”
宋应星听朱由崧对科技滔滔不绝，觉得这个皇帝肚子里有料，遂一口答应。
汤若望是外国人，喜欢有条件置换。
朱由崧道：“汤爱卿，作为回报，朕答应你，西洋传教士可以在大明境内自由传教，在开埠城市建立教堂，大明确保外国传教士人身及财产安全。”
汤若望、南怀仁相视一笑，随即答应下来。南怀仁此时才21岁，但年富力强，后来成为明代首席外国科学家。