武田晴信越想越是不对，直到他意识到了一种可能：斋藤军也根本没有停留在三十三间堂内，而是离开了。可是三十三间堂周围烟雾缭绕，实在是看不清楚。他本想派出一队斥候，去实地考察一下局面，可是那敏锐的战场嗅觉让他莫名地感到了危机和时间的紧迫。于是，他转而直接向部队下令道：
“派筒井军立刻北上三十三间堂，接替斋藤军的防区。如果斋藤军在，就下令他们北上六波罗蜜寺。如果斋藤军不在，立刻整顿防务，同时搜索斋藤军和织田军的下落。”武田晴信有些不安地从马扎上站了起来，看向了烟雾弥漫的北方，“做好战斗准备，提防敌人。”
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作为佛国大名，筒井家代代经营着大和国兴福寺，同时致力于扩张自身的领地。在现任当主筒井顺昭手中，筒井家的领地几乎达到了最大。无论是先前的木泽长政之乱，还是细川晴元和细川氏纲的对立，筒井家都有参与其中。虽然筒井顺昭也积极用兵，但其军略却并无太多出彩之处，攻城略地也大多是依靠着筒井家雄厚的实力，以势压人。他蛮横的扩张引起了大和国内不少国人众的不满，即使已经被迫臣服于筒井家，却仍然阳奉阴违。
近年来，刚过二十的筒井顺昭本应正当年富力强之时，却数度染病。还未留下男丁的他，不仅让人担忧其筒井家的后继之事。不少筒井家旁支的一门众和筒井家的重臣们为此都是心怀鬼胎，致使筒井家内部的矛盾更加剧烈，军队战斗力也一落千丈。因此，此役筒井家虽然率领了足足6000人出阵，却并不为细川晴元、太原雪斋等人所看重。
然而，武田晴信此时手上可供选择的预备队并不多。管领细川晴元的20000人远在后方，不是他能请得动的。另一个选择是北畠家的4000人，但北畠晴具也是弓马娴熟的名将，留着他拱卫本阵显然更加重要。
筒井军领命离开后，武田晴信难得地有些紧张，不祥的预感一直在心头挥之不去。他于是来到东福寺后的慧日山山顶，居高临下地瞭望着筒井军的动向。但是筒井军马上就要抵达泷尾神社，自那之后就会进入建筑密集的京都城区，届时，无论站得多高，也看不清军队的走向了。
不过武田晴信马上就发现自己想多了，他不会丢失筒井军的动向。因为筒井军的先锋刚踏入泷尾神社，就被从里面打了出来——跟在狼狈逃窜的筒井军背后的，是打着大友杏叶纹的九州精锐！
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“什么情况？”筒井顺昭本来正策马在中军核心位置，但转眼间战线就几乎要席卷到他身前。还没等他反应过来，呼啸而出的大友军就几乎把筒井军的先锋击垮了——北面的三十三间堂上不是飘着斋藤军的旗帜吗？为什么大友军会从那个方向杀来？
在筒井军北上的同时，刚刚占领三十三间堂的大友军也在暗中潜行南下。两边的队伍，正巧在泷尾神社撞个正着。区别是，大友军全副武装，早已做好了爆发遭遇战的准备。而筒井军还在以行军队列不紧不慢地前进，部分战兵甚至还未披甲——要不是武田晴信事先嘱咐了一句做好战斗准备，恐怕披甲的人还会更少。
于是，毫无疑问的，筒井军的前军一触即溃。各家国人和直辖武士们都想着在混乱里保住自己的部曲，并未有人拼死抵抗。而另一边，悍不畏死的九州士卒们却是嗷嗷叫地带头冲锋。几年来打惯了顺风仗的筒井军何时见过这种架势，败退的潮流很快席卷到筒井顺昭的马印，逼得他也不得不向后退却()
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“大友军？”东福寺内的武田晴信见状大吃一惊，他有想到斋藤军会瞒报军情，却万万想不到敌人都摸到鼻子底下了，三十三间堂的斋藤军的旗帜却还立着。
几个呼吸后，武田晴信已经使自己镇定下来，甚至重新坐回了他的小马扎上。泷尾神社距离本阵东福寺不过3-4里的距离，一旦筒井军完全崩溃，整个南军的指挥系统和传令兵线路都会瓦解。对于大兵团作战而言，本阵和马印的移动都将带来致命的负面影响，让全军在短时间内失去指挥、军心动摇。
于是，武田晴信并没有其他选择，只能立刻把手头最后剩下的北畠军派去协助筒井军收拾败军，阻挡大友军的进攻。同时，立刻派出大量的探马、忍者、斥候，去找寻织田军和斋藤军的下落，看看他们究竟在哪里。
至于还在围攻新日吉神宫的北条军——武田晴信并没有通知他们的兴趣。他还巴不得北军迂回到智积院，切断北条军的后路，把北条家全歼在新日吉神宫外。