审判处：便是模仿后世的法院，行使审判之责，由裴宣任统领。
督察处：便是模仿后世的纪委、检察院，专司查察各类违法乱纪之事，由蔡庆任统领。
执法处：专职抓捕违律犯纪之人，由李忠任统领。
绿林军事系统由军机阁负责管理，由卢俊义任军机阁阁正，同时并任梁山军团军团长。
林冲任军机阁副阁正，兼任梁山军团总教习。
鲁智深任军机阁副阁正，兼任梁山军团副军团长。
吴用任梁山军团左总军师长，统管军机阁参谋处。
公孙胜任梁山军团右总军师长。
军机阁内设立参谋、军情、演训、武选、军纪、驭马、督造七处。
参谋处：专责参赞军机，推演军情，由朱武任统领之职，扈成
、朱贵、燕青、乐和、铁木华为参赞军师，朱贵仍兼任小王庄总管。
军情处：专责打探军事情报，刺查敌情，由时迁任统领，白胜为副统领。
演训处：专责军团各部的操演训练，由周通任统领。
武选处：专责选拔任用将校官士，招兵扩军，由薛永任统领。
军纪处：专责军中执法，奖惩维纪，由曹正任统领。
驭马处：专责军马饲选、培育，由皇甫端任统领。
督造处：专责督造各类军械用器，由林士远任统领，欧鹏（兼任）、邓飞（兼任）、孟康、侯健、凌振（兼任）、汤隆、樊瑞七人为分路统领。
梁山军团也进行了重新改组整编，由卢俊义为军团长，林冲为军团总教习，鲁智深为副军团长，吴用、公孙胜为左右总军师长。
梁山军团下辖五个军，以及四个军团直属独立师。
第一军由梁山军团总教习林冲兼任军长，下辖两个师，分别为花荣第一师，以及呼延灼第二师。
第二军由赵云任军长，下辖两个师，分别为原孙立独立第一师，现改为梁山军团第三师，以及原董平第八师，现改为梁山军团第四师。
第三军由梁山军团副军团长鲁智深兼任军长，下辖两个师，分别为原秦明第三师，现改为梁山军团第五师，以及索超第六师。
第四军由杨志任军长，下()
辖两个师，分别为原杨志第五师，现改为梁山军团第七师，并升调原第八师旅长
张清任师长，以及原关胜独立第二师，现改为梁山军团第八师。
第五军即是原来的梁山水军，现仍由李俊任军长，下辖两个师，分别为原阮小二水军第一师，现改为梁山军团第九师，以及原张顺水军第二师，现改为梁山军团第十师。
梁山军团直属的四个独立师，为军团直管部队，由军团总部直接指挥。
第一、第二独立师由原王伦近卫旅、史进步战师混合扩充改编而成，其中第一师为“龙骧”师，由史进任师长，第二师为“虎贲”师，升调原宋江亲卫师旅长雷横任师长。
第三独立师为原宋江亲卫师，仍由朱仝任师长。
第四独立师为原马麟混成第七师，仍由马麟任师长。
王伦又在全军团中抽调精兵强将，组成了独立宿卫师，宿卫师在名分上隶属梁山军团，实则独立于梁山军团之外，属于王伦的贴身卫队，由王伦亲自指挥。
宿卫师由武松担任师长，参谋处军师扈成为军师长，小虎为副师长，下辖十四个团，共一万四千人。
并在军团各部之中，抽调焦挺、黄信、鲍旭、杨春、郑天寿、郁保四、解珍、解宝、吕方、郭盛、项充、李兖、孔明、孔亮等十四人为宿卫师各团团长。
杜迁、宋万、郝默、阿奇、铁木华、纳牙阿仍为王伦贴身护卫，铁木华同时兼任参谋处参赞军师，燕青、乐和也以参赞军师身份兼任王伦的贴身护卫。
而与此
同时王伦又组建了一支特殊部队，名为影密卫，专职打探天下各路情报，舆情消息。
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