被亲儿子及众多亲信部将“软禁”半天后才被重新迎请出来的耿继茂得知总督李率泰被抓，巡抚许世昌愿意追随起兵后，纵是有再多怨怒，也不得不扛起长子为他打造的“总统天下兵马上将军”的重担。
因为，此间事已经是骑虎难下，不反也反了！
起兵之后以何名义号召天下，又是否接受吴三桂册封，耿氏父子意见却截然相反。
耿继茂认为以靖南藩的实力很难独当一面，尤其马上要面临浙江和广东清军的反扑，因此必须得到吴三桂的支援才行。
如此，应接受吴三桂的册封，表面服从于吴三桂推奉的“朱三太子”，双方结成联盟共同“兴明讨虏”。
这个意见无疑是老成持重，也极为稳妥，更符合当前抗清形势需要。
耿家只要“姿态”放低，其于福建起事必然威胁清廷钱粮重地江浙，出于战略考虑吴三桂肯定会在进军湖南后分出一支兵马向江西进军，以侧应保障耿家在江浙的行动。
同时也对广东尚家起到牵制（震慑）作用。
若尚家敢发兵北上攻打耿家，吴三桂是可以从湖南直接发兵攻入广东的。
双方各自进展迅速的话，应当能于江西成功会师，就此奠定长江以南全面易帜的大势。
耿继茂显然是将来如何将来再说，眼下既然反了大伙就合起心来把清廷推翻再说。
因此不必计较谁当“老大”。
用民间的话说，这位与清廷有杀父之仇的靖南王只要肉烂在汉人锅里，别叫满鞑子吃了就行的意思。
福建巡抚许世昌虽然怕死，战略眼光还是有的，深知当下形势耿家虽然抢了先手占了先机，但战略态势相当不利，如果吴三桂不派兵支援，弄不好马上就会被广东平南王尚可喜所灭。
因此支持向吴三桂奉表，并建议耿继茂可以为吴军提供钱粮为条件请吴三桂分兵由湖南攻打广东韶关，迫使广东尚可喜不敢派兵北上入闽。
可耿精忠不知是不是受了那谶纬影响太深，还是真不将吴三桂放在眼里，亦或觉得清廷这会虚弱的不堪一击，轻轻松松就能将这座大厦推倒，故坚决反对其父向吴三桂奉表称臣，也不愿接受吴三桂推出来的“三太子政权”指挥。
认为只要快速控制福建，凭借福建的八万兵马北上江浙定能横扫一片。
届时坐拥天下赋税重地的耿家，端的就是第二个朱元璋，难道还怕他陈友谅（吴三桂）不成？
父子二人各执己见时，王府后院失火。
耿精忠的母亲周氏听说丈夫被儿子逼的造反，竟一气之下跳了王府内的景观湖，得亏仆人抢救及时，要不然耿精忠一起兵母亲就死，实在是晦气。
被救的周氏却是不肯原谅儿子，精忠数次前来请罪均被其骂回，于屋中不吃不喝，任凭丈夫怎么劝说也不为所动。
到底夫妻一场，耿继茂见妻子如此也是心疼，又觉妻子说的对，他这一起兵燕京的儿孙恐怕多半要遭清廷毒手。
“父王切不可妇人之仁！今举大事岂有临阵退缩道理!”
耿精忠害怕父亲被母亲影响动摇，说只要他们打的越凶，清廷就越不敢杀害二弟和三弟他们。
反之，则兄弟子侄必遭清廷毒手。
道理，耿继茂也想的通，何况这会哪还容他再议，加之身体多病精力不济，长叹之后将军务都交由长子处置。
“交权”的唯一条件就是不能自立。
在总兵江元勋、曾养性等人劝说下，耿精忠只好暂时打消自立念头，同意与吴三桂结盟，但不愿其父接受吴三桂的册封，为了不得罪吴三桂，耿精忠思来想去自个为其父上了“总统天下兵马上将军”的尊号。
此尊号比吴三桂自封的“都招讨天下兵马大元帅”要低一格。
显然是照顾吴三桂的“感情”。
耿继茂旋以总统上将军名义给“朱三太子”上表，请其早日嗣位，以正大局。
完全获得大权的耿精忠在控制住福州城后，即封从叛将领曾养性、白显忠、江元勋为左、中、右将军；藩下将领徐万耀、黄国瑞、林芳孙、廖廷云、李似桂为都督；王府护卫夏季旺、吕应计、长史陈仪、陈斌等人各授总兵。
总督衙门、巡抚衙门、按察衙门、提学衙门、知府衙门等大大小小官员不肯降者皆捕入狱，降者留任。
又命即日起靖南藩下兵马包括福州城中官民人等，一律蓄发易衣冠，改穿明朝服饰。
由大小衙门开始先行断辫，继而全城百姓皆被勒令断辫易冠。
耿精忠亲自于总督衙门坐镇监督全城断辫易冠，命人将城中九仙观王天君的坐像改为立像，是谓汉人天君岂能为奴！
期间发生一事。
有人欲营救被囚在王府的李率泰。
多是李率泰的旧部曲，有汉人，也有蒙古人。
这帮人夜闯靖南王府，终因寡不敌众大半被杀，余者被擒。
其中有一蒙古人嘛尼已受耿继茂授予的“散骑郎”一职，结果白天投降晚上却带人劫囚，气的耿精忠大怒，命人将嘛尼处以磔刑，活活剐了六百来刀。
待得知李率泰在狱中每天除被强迫喂半碗饭外什么也不吃，且天天在牢房中骂耿家父子是逆贼小人。
担心还有人想营救李率泰，耿精忠一气之下亲自带人至牢中将李率泰拖到观音山活埋。
总督衙门内被抓的李率泰亲眷数十人亦一同被杀。
原王府长史陈仪奉耿精忠之命出使吴军，刚走没多久，广西提督孙延龄、广东提督杨遇明、总兵祖泽清等起兵响应吴三桂反清的消息就传到了福州，这让随耿家父子起兵的文武百官均是精神大振，认为大势已起，清廷离败亡之期已是不远。
福州城中一些躲起来不肯断辫的官员和百姓知道此事后，也纷纷让家人将其辫子给剪了。
耿精忠却是有点后悔，因为广东内乱的话，尚家就没法对他构成威胁。
但仔细一想，杨遇明、祖泽清等人均是受吴三桂拉拢才起的兵，也就是没有吴三桂的话这些人不会造反，如此，就算广东平南藩覆没，广东也是心向吴三桂，哪里有他自立的可能。
明白此关节后，耿精忠倒也弃了杂念，一门心思部署如何夺取福建全省，继而如何拿下浙江。
这时又传来一好消息，潮州总兵刘进忠愿献潮州于耿家。
刘进忠原是明朝总兵马得功部下，顺治二年在芜湖投降清军，后随军征讨福建，归耿继茂定南藩下左跑镇标副将。
几年前耿家从广东移镇福建时，刘进忠被清廷调离耿藩出任潮州总兵，本质上也是削弱靖南藩羽翼的意思。