船队到达南京已经是三月底，南京城里一派春色盎然，与京城的冰天雪地大不相同。毛渊明跳下官船便兴奋不已，恨不得高歌一曲《故乡的云》。
回到阔别一年多的南京城中，连住处都搬了，毛渊明略微感到有些怅然。好在林樱十分细致，在搬家的时候尤其注意毛渊明房中物品的陈设，新居房间的陈设和旧居一模一样，而且把毛渊明花了很长搜集的物品装了好几大箱，封存在库房里，只等毛渊明回来之后自行拆封。
许纬辰两脚一落地面便开始忙碌，首先自然是安排宝亲王朱和尭到紫禁城春和宫入住。南京春和宫规模比京城慈庆宫略大，远远大于朱和尭当前居住的毓庆宫。春和宫历史上仅有过一位主人——懿文太子朱标。由于当年朱元璋对朱标给予厚望，为他兴建的宫室也相当豪华。虽然现在的春和宫几乎就是从废弃的地基上重建起来的，但因为也是循着修旧如旧的原则，按照残基的样式重修，所以形制应该和当年朱标住的春和宫接近一模一样，连宫门前的梅树也按照史书上的记载重新栽植。
朱和尭之前在南京住了几年，那时候还小，和母亲胡皇后一起住在后宫。现在要住进一间比毓庆宫更大而且属于自己的宫室，自然是兴奋不已，亲自指挥着太监们将带来的东西四处布置起来。
南京紫禁城的三大殿还是没能重修，既没有钱，也没有材料——使用木质房梁的大殿，在找不到合适的梁木的情况下，有钱也没法修。当初光复南京的时候，军机处的研究结果是等收复了西南地区，能找到几百年的古木，来重修三大殿。只不过，现在虽然已经收复了云南，但当地各种事务繁多，题报和军报当中全是陈世凯带兵剿匪、明珠视察州县会见土司头人等等的内容，找木材这种事情怎么也轮不到提上日程。
不过，这次来南京的是宝亲王，并非皇帝，所以在重修春和宫的同时，重修了朱标当年的办公场所文华殿和收藏文件典籍的文渊阁，也算恢复了紫禁城的功能性。
到达南京的第二天，南京的文武官员们就在军机处的召集下，到文华殿觐见宝亲王朱和尭。毛渊明让郑智宣读皇帝的诏书，以宝亲王巡南京为名，免去鲁王朱弘桓的南京留守职务。朱弘桓对政务一窍不通，也并不喜欢和大臣们混在一起，或许是因为在东宁被郑氏官员们轻视的经历导致的心理阴影。所以听到诏书如此宣布，大喜过望磕头谢恩。
许纬辰为朱和尭逐一引见南京的文武大臣。南京留守司没有内阁的设置，除了留守之外，原本只有一位参知政事协助处理政事，京城推行内阁改制之后，南京也跟进改制，撤销了参知政事，改为一位辅政大臣和两位协办大臣，目前分别由黄锡衮、范承谟、吴兴祚担任。
黄锡衮已经六十多岁，是福建晋江县人，与郑氏老臣许吉燝是同乡，并称“鲁东十八名士”。他的人生仿佛是明亡清兴然后大明再兴的缩影，于崇祯十三年以弱冠之龄科举登第，很快官至监察御史，甲申之变后南下，因为与弘光朝廷重臣马士英不睦，弃官归隐。顺治年间再度出仕，累年升迁，到三藩起事之时，已经位居武英殿大学士。清亡之后，黄锡衮举家南归，不久又被许吉燝推荐复出，担任南京吏部尚书，内阁改制之后便晋升辅政大臣，成为南京官员之首。
当然，黄锡衮不止是沾了晋江同乡的光，他同时还是姚启圣的妹夫，姚启圣随康亲王杰书投降之后，同样受到重用，眼下已经在福建担任巡抚——福建是大批郑军勋贵的家乡，如今夺取天下之后，难免有仗势欺人的不法之事发生，姚启圣是出了名的敢用重典，少不得要得罪几个福建籍勋贵，任用黄锡衮担任南京辅政大臣，也有为姚启圣撑腰的意图。另外，黄锡衮也有一个妹夫，就是施琅，之前在京城居住，后来为了鼓动他出山，将他举家迁来南京，安排了一处大()
宅居住。尽管黄锡衮也有意请施琅出仕，但施琅与国姓爷有杀父之仇，无论如何不愿出仕。黄锡衮知道无法勉强这个妹夫，便曲线救国，引荐了他的两个儿子施世纶和施世骠。施世纶本是监生，国子监肄业之后外放了知县，施世骠有父亲的武人气质，被项绍宽有意识地送往皇家陆军泰山镇服役，作为潜在的军事人才培养。