果然，方光琛的面子比较大，又或许是特别能言善辩，总之王屏藩跟着方光琛前来昆明，向郑克臧请罪。郑克臧将王屏藩痛斥了一番，让他回昆明城里的家中闭门思过，同时任命陈君极为署理都督，统领王屏藩的部众。王屏藩虽然愤懑不服，但也无可奈何。
刘国轩从贵阳用了两个月的时间才到达昆明。虽然只带了三千兵力以策安全，但这就意味着行动速度比起那些溃散的吴军还要慢许多。经历了多场大战，()
郑克臧、项绍宽和刘国轩终于再度聚首，整个云南大体平定，众人都欣喜不已。
在欢迎宴会之后，大家又一起商讨日后如何统治云南。朱丹赤认为，前明对云南的统治，是将沐英的家族封为黔宁王，世代镇守云南，这种封藩的方式比较有利于云南的稳定。但云南地形过于复杂封闭，封藩很容易造成割据的状态，比如吴三桂就是最好的例子。这一次征服云南的艰难程度，也使得大家都觉得，不能再让云南处于割据的状态，而是要如内地省份一般，用总督和三司来统治。
既然如此，那首先肯定是向南京军机处奏报，请许纬辰派遣大员出任云南总督。不过，短期内云南肯定还会陷于动荡不安，必须留下兵力驻守。刘国轩和项绍宽都认为，云南经过这次大战，产生了大量的土匪武装，土司们也因为吴氏政权的灭亡而蠢蠢欲动，今后几年云南需要强力的武将在此坐镇，随时应对可能的叛乱。留下的将领既要有作战能力，又必须对朝廷忠心，最重要的是，必须与吴三桂的旧部没有瓜葛。
以这几个条件筛选下来，曾养性、马宝等人都不合适，最佳人选就落在了陈世凯身上。陈世凯本身是湖广恩施人，在永历时代在川南山区作战，富有经验，自从在浙江投降大明之后，表现甚为忠心，而且战绩不俗。刘国轩还特别推荐，说此次明军三路进军贵阳，唯独陈世凯一军最为顺利，斩获也最多。郑克臧于是决定，任命陈世凯为镇西将军，留守昆明。
现在剩下最后一件事，就是升龙的平叛战事。就在处理王屏藩和与刘国轩开会期间，洪磊的战报又不断传来。丁文左夺取谅山的计划顺利成功，对明军实现了合围，但明军在南线却非常轻松地击败了丁炜的叛军。两万多叛军看上去声势浩大，但战斗力确实不怎么样，而且一旦战局不利，就溃散奔逃。两万多军队被明军斩首五千多人，丁炜本人也中炮身亡。
而后，在刘德杰的指挥下，明军迅速向北运动，对谅山发起进攻。丁文左不愧是一代名将，在一个月的时间里就在谅山一带筑起了坚固的防线。明军的攻坚战打得相当艰苦，虽然有热气球和重炮的加持，还是一连激战了十多天。最终，丁文左的营垒全部被明军攻陷，丁文左和孙子丁聪一起被俘。有鉴于丁炜已死，洪磊也不想再杀死这对祖孙，决定将丁文左全家都迁往升龙城监视居住，以防再被人挟持利用。
接下来，洪磊让莫敬光颁下一道诏书，宣布赦免剩余的叛军，只要叛军向当地官府自守，交出武器回家务农，就不再追究。经过这场大战，黎氏余党无论是数量还是士气都遭到了极大的挫折，短期内应该不会再成气候。
项绍宽得到了洪磊的这个好消息，一再向刘国轩夸奖他的好儿子刘德杰，果然是青出于蓝。刘国轩也对刘德杰的表现十分欣慰，说等将来见面一定要好好地奖励这个孩子。
于是郑克臧下令，明军留下三十营共一万五千人马，由陈世凯坐镇昆明。其余兵马分南北两路班师。