玲子和海盗团的众人敲定了针对克里西亚海盗团的计划。因为现在是白天，天上没有星星，所以他们并不清楚现在境况如何。
还活在游戏当中的，只有玲子和万事屋三人，以及“十九世纪末的伦敦”这一游戏舞台的柯南一行人。
玲子端坐在椅子上，总觉得内心不安。
不会是江户川柯南那边出事了吧？
——
玲子的预感成了真。
此时的柯南，正为了寻找“开膛手杰克”而努力。
在游戏开始之前，发布会会场发生了一起杀人案件。受害者是“茧”的研发负责人坚村忠彬，被人一刀刺死在工作室里。
而他面前的键盘上，沾着血的三个字母，成了破案的关键。
“jtr”，jktheripper，开膛手杰克。
只要在游戏里侦破一百年前的伦敦连环杀人案，就能知道现实中杀害坚村忠彬的凶手是谁。柯南是这样认为的。
所以他才会一个人戴着胸针去参加游戏，却没想到进去之后会看到少年侦探团的几个孩子，以及小兰。
更让他没想到的是，一个名为诺亚方舟的人工智能会将他们当做人质，完成一场以性命为赌注的游戏。而从它的言语之中透露的意思来看，似乎是为了帮一个叫泽田弘树的孩子报仇。
泽田弘树，和现实中发生的那起案子，会有关联吗？柯南摸着下巴深思。
少年侦探团一行人和小兰跟着他一起选择了十九世纪末的伦敦舞台，同行的还有刚才在会场和他们发生过冲突的那四个孩子，分别是瘦高个男孩菊川清一郎；平头男孩诸星秀树；胖男孩江守晃；以及吊梢眼泷泽进也。而铃木玲子和她的三个助手，选择了一开始的海盗世界。
刚进入游戏，他们就撞上了开膛手杰克的作案现场，可惜阿笠博士给柯南的发明在游戏里起不了作用，让他逃走了。
虽然阿笠博士很快在外界找到方法连接游戏，给予他们声音提示，但这一举动惹恼了诺亚方舟，它不仅切断了联系，还令大桥崩塌以此作为警告。站在桥上的柯南一行人差一点就掉下去了，柯南还伸手帮了菊川清一郎一把。
紧接着，同行的诸星秀树发现了大钟的古怪：分针竟然是倒着走的？！
从50分到49分，再到48分，柯南判断出，分针指向的数字，代表游戏中的剩余人数。
而在前往贝克街寻找福尔摩斯的路上，他们遇上了一个拉着手风琴的流浪汉，他念念有词的说着奇怪的话，从柯南一行人身边走过。
既然是游戏，当然没有预想中那么简单。
柯南他们原本是想寻找福尔摩斯，向他寻求帮助，解开开膛手杰克的真正身份的。只可惜这时候的福尔摩斯正巧因为巴斯克维尔的猎犬事件，离开伦敦前往达特摩尔了。
但柯南并没有就此放弃。就算福尔摩斯不在，他们也可以凭借自己的努力解开谜团。很快，他们就发现了开膛手杰克与莫利亚提教授的关联。
被称为“犯罪界的拿破仑”的莫利亚提教授，虽然在黑暗势力中极具影响力，但并不常出现于人前。柯南立即想到解决方法：既然找不到莫利亚提，那么就去寻找和他有所关联的角色。
巴斯查.蒙郎上校，莫利亚提教授的心腹。在福尔摩斯的笔记上记录着，他常出没的地点，是市中心的扑克牌俱乐部。