果然不出郝运所料，等海兽号携带着天神号来到了外海的指定位置，准备发射天神号时，发生了人工智能生灵叛乱的这个大事。因为天神号发射是很重要的一个环节，因此()
，海龙号的妖精也来到了海兽号上，他们走的时候，也只是开启了海龙号的防护手段，并没有在海龙号上留下人，也就说，当时他们整个学派的妖精全员都来到了海兽号上，就为了见证天神号的发射。
后来首席也仔细思考过，他明白，就是因为他们全员集合在一起，才给了人工智能生灵最好的机会，也只有这个机会，才可以将他们做到一网打尽。智能生灵的叛乱，很显然是有预谋有计划的，由于选择的时机很好，他们都把心思放在天神号的发射上，不但没有注意到智能生灵有什么异常反应，而且还把安保任务也全部交给了这些智能生灵，因此，当发生反叛后，他们根本没办法组织起有效的抵抗，立马就陷入到了苦战当中。
就这样，当一个个同伴被守卫杀死，首席作为他们学派的首席研究员，做了一个大胆的决定，他利用同伴的掩护，来到了第八层的中枢系统，利用自己的权限，强制把此次罪魁祸首，也就是海兽号的控制系统，断掉了它的能源，只是这种人工智能并不会因为缺少了能源就会死亡，或者说，这玩意就不会死。很快，首席就发现，这个系统非常狡猾，竟然附身在零号守卫身上。也许这就是命，零号守卫就是首席亲自研制出来的试验品，当年他在制造过程中，加了一些只有自己知道的指令，好在有了这些指令，首席才成功控制住零号守卫，并把它困在第九层当中。
由于智能生灵的反叛来势太猛，他们也是害怕天神号会被智能生灵占领，所以，只好草草将其给发射了出去，好在天神号一切正常，最后还是成功入了轨。当时他们也怕，这些智能生灵成功后，会逃离这片海域，这样会给灵界带来大的灾难，所以，天神号上设置了对这片区域的出现能量级别较高的飞行物，进行无差别打击。郝运心里苦笑到，搞了半天，是这么一回事，这跟妖族屁关系都没有，自己一开始还认为，妖族怎么会这么厉害，为了自身的安全竟然可以防护得如此严密。
郝运听到这里，忍不住就问道：“我在舰长的房间里，发现了加密的信息，可以通过解密，找到你们当年的建造场所，说那里可以找到前往天神号的传送阵。既然你都已经控制了零号，为啥舰长还要留下这个信息，还以身殉职，为了这个秘密，代价也太大了。既然你还活着，这个牺牲是不是没有必要啊！”
“当年，我是首席研究员，并不负责建造工作，所以，我并不知道建造场所的具***置，舰长这么做，当然是有理由的。”首席黯然回答道。
原来，当年首席虽然控制住了零号，但是反叛并没有结束，等所有反叛的守卫都被解决后，由于海兽号损坏比较严重，整个基地也没办法正常运转起来。整个基地最后能够活下来的妖精，就只有舰长和首席两个而已。首席为了压制零号，根本就抽不出身来，于是基地的恢复工作就只能落在舰长身上，就凭借舰长一个人的话，海兽号根本就不可能修复过来，必须要有守卫的帮助。但是舰长和首席害怕重蹈覆辙，于是从基地的控制系统入手，重建了一套死板的控制系统，只有基本的判断能力，而且一旦发现系统出现进化的现象，系统就会重新启动。就这样，年复一年、日复一日，经过很多年的慢慢修复，海兽号终于修复成功，但是问题依然是存在的，零号并没有放弃对基地的控制，要不是首席对零号的压制，这个基地还是会被零号给控制，而那些新生产出来的守卫，仍然有可能会反叛。首席很沮丧地说道：“我们一开始就想错了，不管是什么生命类型，只要有智慧存在，就一定是没办法控制的，本来我们希望研究整个灵界的运转，没想到，我们连自己的基地都控制不住，自己的家都管理不好，就算给你一个世界又能如何。”
首席进入中枢系统后，从此就困在里面，无法走出来，外界就靠舰长一人进行处理，这么多年下来，妖精就()
跟销声匿迹了一样，一直也没有妖精找上门来。由于妖精自身的缺陷，舰长感觉到自己已经压制不住自身的能量，于是舰长只能留下天神号的信息后，将自身封闭在房门中，把这个秘密牢牢守护了起来。郝运听后，是唏嘘不已，妖精并不是永生的生灵，他们也同样要面临生死离别，只是这位首席，为什么可以生存这么久？难道是因为与基地融合的原因吗？
首席为了防止零号脱困，知道自己一旦死亡，这个基地肯定会被零号占领，因此在不得已的情况下，做出了大胆的抉择，就是将自身与基地融合。可是这个融合的过程非常缓慢，直到现在，基地中还有很多地方，他也不能完全控制，不然也不会让郝运他们这些外来者长驱直入，把基地给闹翻了天。
自从基地修复完毕后，基地的控制权上，首席与零号一直都在博弈中。本来基地一直都藏身于海底，如果一直保持这样的运转方式，不会有人能够发现这个基地的。直到有一天，首席发现，基地与海龙号的双向传送阵，有了被激活的迹象，然后就出现了外来者，可惜这些外来者并不是妖精，这让首席非常的失望。而这些到来的外来者，就跟过来打劫一样，对基地进行了不少破坏，为此，首席在没办法的情况下，开启了安保措施，将来到这个基地的外来者，全部杀死。
可是这个事情根本没完，不时那个传送阵就传送来一批人，首席只能继续杀，直到外来者明白其中的危险后，传送阵才沉寂下来。可惜，就在首席忙着处理外来者的时候，让零号找到了机会，它悄悄给基地的系统添加了一道命令，于是基地每过一段时间，就会从海底深处往上浮去。首席想要删除这个命令，发现这条指令已经固化下来，除非让系统重启，可惜零号早先一步，把重启的指令也给取消了，因此，想要重启系统，只有关闭能源系统。已经与基地融合的首席，根本就没办法去关闭能源系统，而且就算关闭了能源系统，肯定也会让零号找到脱困的机会，所以，首席也没有别的选择，他只能再给系统添加别的指令，于是这个海兽号就开始在外海区域里随机自由潜行，每过一段时间，就从海底浮上来，然后就迅速沉下去。首席的目的，就是不想让人随便找到这个基地，而零号的目的，也很简单，就是希望有外来者入侵。经过多年的争斗，零号明白，凭借自己肯定没办法脱困，只能寄希望于外来者，只有打破平衡，才能逃出生天。