虽然满清占据着北方和关外之地，但朱由检没有禁止大明对满清的商业贸易，而满清朝廷自己也忽视掉这个商业的禁令。
毕竟满清朝廷也知道北方离开不了南货的支持，也禁止不了民间官绅与大明商户间的商业往来。
不过，因为如今的扬州和大运河沿岸城镇一直到保定，都成了军事重镇，漕运已经中断，因而无论是淮扬的大明商户北上还是满清统治区的商户南下，此时都只能在上海县中转，然后走海路。
这就使得昔日漕运一带的商业繁华也移嫁到了上海县。
在上海县吴淞口南北两岸甚至内河黄浦，都是商船云集，来往不绝。
而从上海县吴淞口一直到山东登莱的东海与黄海是大明海军的实际控制区，虽说大明的商船北上去此时的大清国做生意，但只要有在上海港缴税明证或者打着郑氏商行的旗号，帝国海军是不会阻止的，但大清国的商户此时要想南下做生意是要给大明海军交保护费的。
此时的大明海域中，东海与黄海的制海权控制在大明海军手里，而在此时的南海以及整个东南亚则控制在郑氏海军手里。
这是朱由检和郑氏家族达成的默契，郑氏集团自然不会越过台湾而冒犯大明帝国的海军，而大明帝国的海军也无力南下越过台湾，去郑氏集团手里夺取南海的控制权。
大明帝国海军在黄海与东海一带占据所有岛屿收取清国商船的保护费，而郑氏集团则在南海，准确地说是从今天的台湾岛以南的海域里向外番商船收取保护费。
当然，大明帝国海军不会收取大明朝廷皇商与官商乃至民间商户和郑氏商号的保护费，而郑氏集团也同样不收，且都有保护本国商船的义务。
这也是彼此的默契之一。
到崇祯十九年底，据刘孔昭禀报，大明帝国海军靠此保护费在崇祯十九年十二月底已收取保护费达三百万银元。
这还是此时的北方还未完全恢复经济秩序的时候，等再过几年，北方的大清国商户甚至能每年为大明海军带来的收入当不止三百万银元。
这无疑是让大清国帮着大明国建立更强大的海军。
当然，朱由检不禁止两国通商不仅仅是不想阻碍本国的商贸和得罪本国的士绅商户还有更深层次的目的，如今大明已经改革了钱法，银币成了通行的货币，而银币在大明帝国因为大明中央银行的金融管控而能得到大明帝国本国内民间的承认，自然也会得到大清国的承认。
甚至为促进银币在满清统治区流通，大明海军也只收银币作为保护费。
为此，一旦银币在清廷内部开始大范围流通，甚至成为清廷主流货币，那样整个北方的白银与黄金将会大量流入南方的大明，让此时的大清国在未来出现银贵钱贱。
那样无疑可以激起其国内矛盾，甚至导致其通货膨胀产生，而且朱由检以后还会慢慢地将银币变成纸币，一旦纸币也在此时的大清流通起来。
朱由检就相当于用白纸将清廷统治区的白银与黄金赚到了大明，甚至直接可以利用经济手段操控清廷，如果他开始下令大肆印刷纸币或者是印制银币，那么白银与黄金储备足够的大明可以不受到大的冲击，而清廷则无疑会因为自己的经济手段而先陷入经济奔溃。