在这期间，朝鲜局势变得混乱起来。由于王辰浩把德法俄三国对中国的势力瓜分的祸水引到了朝鲜半岛上，使得朝鲜变成了德、法、俄、日四国博弈的战场，使得本就动荡的局势变得异常紧张起来。
1895年6月，俄国答应朝鲜闵妃要求，朝鲜各个港口对俄国开放，允许俄国军舰停靠。这使得俄国军舰可以大摇大摆的进入有日本军舰停靠的港口，监视日本西海舰队的行动。对此，日本政府十分恼火。
8月，曾参与甲申政变的亲日内阁内部大臣朴泳孝企图谋杀闵妃，事泄后朴泳孝被迫亡命日本。闵妃趁机解散了亲日内阁，重新获得政权，成立了以朴定阳为首的“贞洞派”亲俄国内阁，并利用俄国向日本施加压力，给俄国更加优厚的驻军、修铁路、开矿权利，迫使俄日俄矛盾升级，借俄军逼迫日本撤走在朝鲜的军队。
从这时起，日本便开始策划杀害闵妃的行动。而闵妃亦有所察觉，下令解散日本训练的训练队，改以自己的亲信洪启薰为队长的侍卫队以拱卫宫廷。这件事令日本极为不安，做好了杀害闵妃的准备，他们先收买了以亲日分子禹范善为队长的训练队，让他们作为前锋入宫，又挟持了大院君，以造成大院君发动政变的假象。
1895年10月8日，正值各国的目光都关注清帝国在直隶永平府举行的永平秋操时，日本驻朝公使三浦梧楼经过精心策划，暗中与朝鲜禁卫军中的日本军官约定，由他们留下入宫的门路，并在必要时将朝鲜禁卫军阻于宫外。
凌晨，日本人的突击队遭遇朝鲜侍卫队的顽强反抗，但侍卫队只有几百人，因为内鬼的出卖故很快被日本暴徒们击败，洪启薰被内鬼杀死。攻占景福宫的日本人一路闯入议政厅，挟持朝鲜国王高宗，逼迫其在亲日派拟好的《王妃废位诏敕》上签字，废闵妃为庶人；一路则攻进闵妃的住所寝宫。
当天夜里，40余名浪人突然冲进闵妃的内室。闵妃的贴身侍卫没来得及反抗，就被他们砍倒。浪人们将闵妃和她的侍女们实施残暴发指的侮辱，使其在朝鲜国民面前的名节形象尽损，然后乱剑将其刺死。并未就此罢手，他们接着将闵妃的侍女一齐杀死，然后把所有满是刀伤剑痕的尸体拖至庭院中，浇上汽油，焚尸灭迹。
这次暗杀闵妃的行动进行得很顺利。但是三浦梧楼的妄为，让使日本受到许多国家的责难。由于当时在王宫里的还有两个外国人，一个是当时在宫中的美国军事教官，另一个是俄罗斯技师。他们救走了一些闵妃的侍女，两人向外通报了事件，导致在汉城的各国公使强烈谴责日本的行为。
日本政府面临强大国际舆论压力，一面指使亲日政权收回将闵妃废为庶人的谕旨，追封为“嫔”，以缓和朝鲜国内外的舆论压力；一面慌忙把包括三浦梧楼公使在内的48名凶手“逮捕”。
日本专门派浪人组成暴徒队实施行动，目的就是避免政府参与，不给俄国人借口。
刺杀闵妃的浪人，大多是玄洋社和紫冥会的成员。他们都是反对大隈条约修改案，主张侵占朝鲜的人。他们的结局是和三浦梧楼住进了广岛监狱。后来，日本法官以“并无充分证据证明彼等确曾实行意图中之犯罪”的理由，将三浦梧楼及浪人全部释放。三浦梧楼获释后，并未过着忍辱含垢的生活，也未从此与政治绝缘。他在内阁与军部中仍有势力，因此他经常躲在幕后，为日本一些对外政策的制定出谋划策。
乙未事变的真相被公布以后，极大地伤害朝鲜人民的民族感情，接着金弘集内阁又发布了断发令，压抑已久的朝鲜人终于掀起了反日的怒潮。他们高呼“为国母报仇”，纷纷起兵反抗。
1895年12月6日，高宗乘妇女的轿子，逃离被日本人控制的宫廷，来到俄国公使馆，获得俄国公开庇护。随后高宗下令诛杀亲日内阁大臣，金弘集、郑秉夏、鱼允中先后被愤怒的民众所杀，其余亲日分子逃跑，日本在朝鲜的扩张遭到沉重打击，同时也让日俄矛盾进一步激化。