因为现在的知县知府已经不再负责审案，所以原来的衙役可以全部遣散。县衙内只有知县和县丞及各种吏员，负责管理民政。而主薄则加入税务部门，负责收取
税赋。
而法庭是独立于县衙门的，只有法官和招收的杂役。而每一县都新设了一名巡检。其实原来有些大一些的县里也是有巡检的，而现在则是都设立了巡检，组建了巡捕房。
巡捕房与法庭不同，法庭只受到上级法庭的管辖，不受县衙门的管辖，而巡捕房则是受到多重管理，既有上级巡捕房管着它，而本县的法庭也能管着它，县衙门有事时也可以把他们拉来。
巡捕房在本县境内招收巡捕，以原来县衙门的快手（捕快）为主，加入了一些退伍军人，负责全县的治安工作。
巡捕房不再是象以前的衙役一样奉行“民不举，官不究”了。巡捕房中有专门的马捕（就是以前的马快），每天负责在管辖范围内巡逻，一经发现有违反法律的情况，就会报告给法庭，然后开始进行立案侦查，进行初步的审讯，以更提供证据给法庭来裁决。
而巡捕房还有一项重要的职责，那就是清理乞丐。朱元璋建立大明后下诏“鳏寡孤独废疾不能自养者，官为存恤”。更在洪武五年下诏于天下郡县设立孤老院，这就是著名的养济院。
即便是设立了养济院，但有些懒汉们不符合进入养济院的条件，又不想干活，于是他们选择了乞讨，所以大明还是有乞丐的。但大多都是健康人，而且这些乞丐常常兼职做人贩子，小偷，严重影响了地方的治安。
朱由校给巡捕房专门下达了一个任务，那就是将所有的乞丐都抓起来进行甄别。大多数乞丐都是身体健康的，而且他们都是有组织的。那些确实身有残疾的人，其实也是由他们人为制造出来的，他们拐来一些小孩子，然后打断腿或者什么的，再把他们赶出来乞讨，用他们的惨样来激发人们的恻隐之心，从而收到大量的施舍。
巡捕房建立伊始，便开始在各地抓捕乞丐。只要发现有身体健康的乞丐，就立即抓入牢房中，然后集中在一起，送到各处的劳改营中。而那些身体确实有残疾的，则送到养济院里去。
劳改营里的犯人，每天被强迫干活，只要完成了每天的任务，就可以吃到饱饭。如果没有完成，那就对不起，没饭吃。
经过这样的一个打击行动，大明各地的乞丐一扫而空。这不但使得市容更加整洁，也使得治安情况大为好转，至少拐卖妇女儿童的情况急剧减少，小偷小摸的也少了许多。