天启二年二月初七日，山东兖州府、济南府、东昌府发生地震。官员上报，地震各处有声如雷，地裂泉涌，鸡犬鸣吠，墙屋倒塌。地震甚至波及到了河南河南府、开封府、归德府。到三月初七日，济南府、东昌府的历城等地又发生地震，并连震三日，倒坏民居无数。
二月初八，朱由校接到急报后，立即下令给山东巡抚赵彦，要求山东各地首先要保证灾民有吃有住，因地震而死亡的灾民要及时安殓，地方秩序要尽快恢复正常。
到四月初，赵彦回报，灾民已经安排妥当，各处初安，请皇帝免除地震各地赋税。朱由校下旨，免除当地赋税，由山东地方进行抚恤。
五月，在朱由校的授意下，户部左侍郎陈大道等合词为原任大学士张居正请恤，列其二十项功绩。皇帝也认为张居正辅政十载，天下大安，“功不可泯”，准复原职，予祭葬，谥号酌改，房屋未变价者准给子孙奉祠居住。
而这时，方孝孺十世孙方忠奕以贡来京，伏阙上书。皇帝下旨：方孝孺忠节持著，既有遗胤，准与练子宁一体恤录。
这两件事，给了群臣一个信号，皇帝准备将前面的一些案子翻过来，远的到成祖时的方孝孺和练子宁，近的到万历朝的张居正。朱由校想要改变大臣们的思想，先要让大家知道，自己并不忌惮修改祖宗之法。
这事才刚刚发酵，引起一些人的忧郁或者思考，尚未形成大的影响，这时候山东急报，五月十一日，白莲教教主徐鸿儒带着曹州府一带的白莲教徒造反了。听到这个消息，朱由校又惊又喜，惊的是地震抚恤已经基本到位，现在山东又不是没饭吃，为什么要造反呢？喜的是近卫军终于可以再搞一次实战了。
他下旨山东巡抚先谨守各处，由近卫军前来平乱。再召来近卫军众将，大家一起商量山东平乱策略。近卫军上次在辽东和建奴打了一仗后，信心大增，觉得建奴亦不过如此而已，何况山东流民，现在山东民变，大家都想带兵出战。
这显然是不可能的，设立京营的目的本来就是要拱卫京师，一般来说京营是不出京的，上次去辽东是以护送熊廷弼的名义，去西南也是以护送秦良玉的名义，而现在全部近卫军出战山东，不用想，大臣一定是不会同意的。所以还是只能出去一部分兵力，不过山东民变也应该只需要出少量兵力就可以平定了。
但是由谁统领出战就发生了争执，杨光夔上次没有出战，这次坚决要求要去山东，而杨光皋几个上次出战了的，也不想留在军营里训练，想再去山东建功。很快在皇帝面前就吵成了一团。只有满桂，还在和近卫军士兵进行磨合，倒是没有请战。
朱由校知道杨光夔心软，所以上次就没有派他去辽东，这次去山东总不能又不让他去，可是其余的人呢，不去心里肯定会不爽，当然他们不爽也不会在自己面前表现出来，但自己还是想锻炼他们一下，为下次和建奴做战积累一些经验才好。
这时卢象升发言了：“陛下，微臣觉得，平定山东之乱要的是快，不要让其它地方的白莲教效仿才行，兵力并不需要很多，臣请前去观战。”
又多了一个抢肉吃的，近卫军众将都眼巴巴地看着皇帝，希望皇帝能派自己去山东。朱由校也感到麻烦，于是只好安慰大家，很快就会进行近卫军扩编，没有去山东平乱的人下次一定让他去打建奴，这才让大家安静下来。皇帝决定山东平乱就由老好人杨光夔去，反正他心软，自己国内的人还是少杀的好。
五月十三日，皇帝下旨，杨光夔升为近卫军都指挥使（正二品），杨光皋升为近卫军都指挥同知（从二品），周遇吉，曹文诏升为都指挥佥事（正三品），满桂依然是镇抚（正五品）。杨光夔与曹文诏带兵前住山东平乱。侍读学士（从五品）卢象升为监军。
杨光夔与曹文诏共带一个骑兵营，两个步兵营，一个炮兵营，一个辎重营，于下旨当日即起程前往山东。这样京师里就只留下两个营的正兵，内阁和兵部提出异议，觉得京师兵力太少，恐有不测之祸，朱由校回道：”京师之固，在德不在险，再说现今不是还有入卫京师的北京京操班军吗？朕相信足以守卫京师了。“众臣又不能对皇帝说京操班军其实根本没有战斗力，全是垃圾，那皇帝就会说，为什么会是垃圾呢？你们平时为什么不说呢？于是只能眼睁睁地看着近卫军大部离去。
朱由校前世所学的教科书告诉他，山东的民乱不是造反，应该叫起义，从历史的角度看是应该肯定的，所以他告诉诸将，只要将徐鸿儒抓住就行了，其余的皆不可杀，遣散就可以了。诸将（除了杨光夔，他恨不得一个都不杀）虽然腹诽却不敢反对，领命而去，卢象升倒是提出应该杀其头目，但也被朱由校否决了。
接着详细情况报了上来，徐鸿儒自称中兴福烈帝，改年号为大成兴胜元年，封陈灿宇为右丞相，封弟弟徐和宇为英烈王，另外还设有都督、总兵等官职，他们攻下县城什么的，直接开仓放粮，领取了粮食的就要和他们一起造反。他这才明白，不是官逼民反，而是邪教造反，是想要夺大明的江山，这怎么行呢，你即使是正义的，也不可能我把皇帝让你当吧。这时近卫军已经出发了，他立即命人追上去传旨：参与造反的所有重要人物，除非自首，否则全部杀死，首恶绑来京师，凌迟处死并灭其三族。并传语近卫军将领，若遇反抗，不管对手是什么人，均不可心存仁慈而留手，但如果敌人投降，不可以杀良冒功，近卫军不以首级论功劳。近卫军将领对此深表拥护，这比前一个命令当然是好得多了。