王在晋出任辽东经略后，先带人视察了关外形势，然后给朱由校写了一封奏折，要求在山海关外八里的位置重新修一座城，也叫重城，用来抵御后金。
而这时随王在晋出关的幕僚袁崇焕则直接向首辅方从哲上书，认为王在晋的筑城策略有问题，应该在宁远筑城，在奏折中他放出豪言：“给我兵马钱粮，一人独守此！”方从哲将两人奏折呈上，请皇帝定夺。
朱由校先看了两人奏折，王在晋认为辽东耗费太多，这样下去会将国家财政拖垮，所以最好是将辽民迁入内地，这样会大大减少消耗。袁崇焕则认为在宁远筑城，布置从山海关到宁远的防线，再可以从宁远一直筑城到后金所占的辽东，用城将后金困死。
不过朱由校对袁崇焕的那句豪言倒是有些看法，给你兵马钱粮，那算什么独守？意思是功劳归你一个人吗？然后就是用城将后金困死，那要多少钱呀，亲你知道吗？
他先将徐光启找来，问了一下辽东历年所用经费，结果发现，从万历四十六年闰四月起至泰昌元年九月止共发过一千五十一万五千七百二十三两（明实录）。
两年多时间花了这么多钱，而据徐光启所说，朝廷今年的财政收入还不到五百万两。
朱由校询问徐光启的看法，徐光启迟疑一会道：”王经略之前任职为总理辽东户、兵、工三部侍郎，专门管理辽饷事宜。“
朱由校心里有了底，徐光启也认可王在晋的策略。第二天朝会上，他将两人奏折交给大臣们讨论，不料大臣们大多以不了解情况为由，不发表自己的意见，倒是让朱由校高看了一眼，不过他仔细想了一想，也明白了，上次熊王之争让大家都有些害怕了，生怕自己支持的人最后出问题，即使不牵连到自己，也会影响到皇帝对自己的看法，好一群明哲保身的君子。
这时，孙承宗出列，表示愿意去辽东亲自视察，看谁的方案更符合实际。朱由校本来已经决定要用王在晋的方案，但既然孙阁老自己要去，当然不好打击他的积极性。
今天还有更重要的事，就是西南策略问题。在解围成都后，秦良玉和鲁钦攻克二郎关、佛图关后，会合了南坪关的白杆兵，收复了重庆，杀死贼将张彤。然后又收复红崖墩、观音寺、青山墩等贼军重要据点，一直攻到永宁，奢崇明兵败逃往水西，天启元年十二月，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。
平乱后，朱燮元秦良玉鲁钦等人都上了奏折，从奢崇明叛乱的起因，过程到最后的处理方案，都提出了自己的看法。三人一致认为，奢崇明叛乱，固然有其野心膨胀的原因，但当地官员对土司盘剥过甚，却是引起叛乱的最重要的原因。
至于事后的处理，三人倒都认为应该改土归流，只是具体作法有些分歧。朱燮元和秦良玉认为应该以安抚为主，保留土司的部分权力然后设置流官。而鲁钦则认为应该将参与叛乱的土司全部杀死，然后设置流官，这样才能长治久安。
朱由校将三人奏折先交给内阁讨论，大家都对鲁钦的方案嗤之以鼻，认为大明一直以仁义待边民，讲究仁恕之道，怎么能够杀光土司呢？
朱由校其实很支持鲁钦的看法，因为他想到了后世的民族政策，如果摧毁了土人的上层建筑，那下层土民就会好管得多，一味的仁义，只会助力那些人的嚣张气焰。
于是他将奏折在早朝上让众大臣一起讨论，结果大多数人都认为朝廷应该行仁义之举，只有几个大臣认为应该对参与叛乱的土司们给些惩罚，以儆效尤。
这时却有个刑部郎中的看法与众不同，他站出来说道：“陛下，微臣觉得，如果宽恕了那些土司，不啻与鼓励别的土司造反，所以绝对不可以如此。臣认为所有参与了叛乱的土司都应该杀死，并将其抄家灭族，将其家产收归朝廷，对没有参与叛乱的土司给予一定的嘉奖，这样才会让他们明白以后应该如何作才对。”
朱由校大喜，就将这个叫洪承畴的刑部郎中提升为刑部员处郎，任命其为钦差大臣，赐他尚方剑，前往永宁处理改土归流事宜。并命周遇吉带一个炮兵营和一个辎重营随洪承畴前住，因为奢崇明虽然基本打残了，但安邦彦可还跳得很欢呢。
洪承畴动身之前，朱由校召见了他。两人就官吏盘剥和降而复叛这两件事进行了深入探讨，朱由校认为，只有死了的叛乱者才是好的叛乱者，当然杀完他们后也要杀几个贪官来取信于当地土人，让以后的流官知道土人也不是能随便剥削的。并让洪承畴带口谕给四川巡抚，要他准备好流官，等洪承畴清理完后迅速安排下去，将永宁安抚好。