文书官念过案卷后，税务署长毕自严出列道：“陛下体恤商民，只定商业税为半成，而还有人妄图抗旨，臣以为应该严惩，以儆效尤。”
他一下子提到这样的高度，这就让一些人很不满了。左光斗出列道：“不过是商人贪利罢了，臣以为，如陛下能网开一面，则商人自会感激，以后就不会有人抗税了。”
官应震不干了：“陛下，抗旨不遵，买凶杀人，如此行径，岂能用贪利来开脱，臣认为应该抄其家产，夷其三族，这样才能警告后来者，免得行此大逆不道之事。”
群臣议论纷纷，多数人都觉得应该严惩，但象官应震那样要灭族的倒是不多，多认为沈萃礼应该弃市，家产没收，也就差不多了。
朱由校道：“沈贼丧心病狂，竟然买凶杀人，并造成东厂番子死三人，伤十人，可判其斩首弃市，并抄其家产，赔偿东厂和民众的损失。只是据东厂来报，其人并无家产，他虽是苏州著名商人，但所有产业都是在其父名下，乃家族所有，众卿家觉得要如何才好呀。”
这话一出来，众人皆不作声。明朝时，一般都是大家庭，除了家主，个人其实根本就没有什么私产，现在如果想不牵连到沈父，那就抄不了家，最多抄得了沈萃礼住的房子。而如果牵连沈父，那事情可就闹大了。
朱由校以前就对灭族什么的没有什么好感，所以只想杀了沈萃礼就行了，但是他又想让沈家赔偿东厂番子的损失，而现在这种家族式的财产问题又让他很为难。
这时，大理寺卿周应秋出列道：“陛下，臣有一策，命沈父出资赔偿东厂损失，若其愿意，则无事，若不愿，则可抄其家。”
他这个主意其实是一般情况下的处理方法，不过其实这也还是要株连，但现在也没有什么更好的办法，先就这么着吧。
然后就是讨论沈萃祯的问题了，很多大臣都认为应该降级处理，以观后效，这当然是兔死狐悲的原因。吴亮嗣则认为，其人对圣旨出口不逊，且纵容族弟为非作歹，应该令其请辞，好歹留一点体面给他。
群臣讨论完后，都看着朱由校。朱由校缓缓开口道：“传旨：剥夺原苏州知府沈萃祯出身文字，人犯沈萃礼立即斩首示众，且命沈父赔偿东厂番子抚恤银八万两，其它涉案人等，由有司按律论处。”
刘一燝急忙出列道：“陛下，剥夺出身文字，此罚太过，免官即可呀。”剥夺出身文字，等于是原来考中进士什么的全部没了，成了真正的平民，比秀才都不如，这种惩罚实在太烈，沈萃祯如果能选的话，一定会选入狱也不愿意受此惩罚。
朱由校看着一些官员同情的脸色，站起来大声喝道：“有谁敢封驳朕的旨意吗！”
一直以来，朱由校在朝堂上都表现得很好说话的样子，从来没有喝斥过大臣。今日突然如此厉声喝斥，且虽然言语中是对给事中，而实际上是对阁员刘一燝，倒是让很多大臣吃了一惊。
大家心中想着一句话：“龙有逆鳞，触者必死。”看来我们这位陛下已经对某些人很不满了。
众臣一起跪倒在地：“陛下圣明。臣等不敢。”
朱由校转而冷笑道：“只是不敢，看来还是很想的哟！退朝吧。”
朱由校今天的表现，让大臣们见识到了皇帝冷血无情的另一面。而对苏州抗税事件的处理结果，则使得大臣们明白，商业税这事，谁敢再生事，那就真的是自己找死了。