十二月十二，众臣请神宗昭妃刘氏负责为皇帝选后妃，昭妃朱由校倒是见过，知道她是个不喜弄权，性情平和的人，这样的人来主持选妃之事是最适宜的了。
方从哲又上奏要归老，这不知道是朱由校登基以来的第几次了。以前每次朱由校都是慰留，现在可能真的抗不住下面的攻击了。具体来说，攻击他的主要是三个方面，一是引荐、赏赐李可灼。二是未加以预防，导致先皇驾崩。三是与郑家勾结。朱由校不想方从哲走，如果他走了，整个朝堂就真的变成了东林人的一言堂了，即使是做挡箭牌，也不能让他走。于是下旨：首辅所为，朕历历在目，引荐李可灼，正为首辅职责，赏赐乃先皇之意，其余未加预防及与郑家勾结，均为莫须有之事。言官论事，不可风闻，须有实据。着方从哲封为太师，进中极殿大学士。
这旨一下，整个朝堂顿时鸦雀无声。上次大家一吵，就将熊廷弼轰下来了，让御史和给事中们都精神大振，这么长时间东林派的孙慎行、惠世扬等不断攻击方从哲在红丸案中作为不当，让方从哲自己都认命了，已经做好了充分的思想准备，并且和东林党私下达成协议，对于红丸案，最后的结论是众臣皆有罪，这样给方从哲一个台阶，让他自己要求下台。
现在不但是东林派的人愣住了，就连方从哲都愣住了。但他是有原则的人，已经都和东林党人说好了，当然不能不遵守约定，于是他坚决不接受皇帝的任命，要辞职归老。
朱由校不知道这老头子为什么一定要辞职，但至少可以看出他是真心要辞职的，而自己偏偏不想也不能让他辞职。于是只好说道：“朕登基以来，方卿所为，深体朕心，不知朕有何失德，竟让大学士如此厌弃，让众臣如此深恶之，必欲去朕之肱股？”
这话说得太重，群臣全部跪在地上，同声叫道：“陛下天生圣明，是臣等失职。”几个攻击方从哲很起劲的人连连叩头，口中说道：“臣等死罪，请陛下责罚。”
这不是廷推，廷推给事中还可以封驳。现在是方从哲自己请辞，皇帝不愿意他辞职，群臣是没有办法的。何况皇帝说出这样的话来，意思就是指群臣有胁迫之意，这个罪名太重，大家不敢承担。
这时候只有方从哲出来打圆场：“陛下，臣身体老迈，深恐有误国事，所以才要告老，却未能体察圣意，其罪在臣。诸位同僚亦是此意，才有弹劾之语，并无针对圣上之意，请陛下收回此言，不然臣等不得安心。”
用这种方法终于取得了胜利，使朱由校找到了对付大臣的方法。你们不是喜欢讲大道理吗，我就和你们讲更大的道理，看看到底谁的道理大。这个发现让他兴奋不已，讲道理，谁不会呀，皇帝的道理总是最大的，我们走着瞧。
朱由校也就顺坡下驴，不再追究这个事。这个结果大家都很满意，朱由校保住了方从哲，方从哲从被迫辞职变成了依旧当他的首辅，群臣逃避了胁迫皇帝的罪名。当然，东林党的人是不是高兴，那就不知道了。不过出殿的时候，杨涟，左光斗几个人的脸色倒确实不大好看。
十二月二十四，大学士方从哲等以辽阳告急，乞借发帑金。朱由校下旨:朕心念辽军缺饷，准将大婚典礼所用银两暂借百万给发。户部尚书李汝华奏，因为辽饷过多，使得外库已经没有多少银两了，不得已才求助内库。这让朱由校更加心急造币机的问题了，要徐光启催问传教士，传教士说现在从大明到西方单程就要一年多，所以造币机的问题只能等才行。