四月二十七日晚亥时，皇后崩。
朱由校哭得死去活来，不是按礼仪规定的样子来哭，而是真的哭。在这世界上真正疼爱自己的一个人去了，这种悲伤，不是那些由别人号令着来哭的人能理解的。当然这次没有哭晕过去，但声音很快就嘶哑了，最后别人哭的时候，他只能默默地流泪了。
皇后的去世，对本来身体就不如何好的皇帝是一个打击。五月初，皇帝也病了，虽然有郑贵妃的尽心照顾，病情还是日渐严重。
六月初三，太子父子被召觐。皇帝说话已经不大利索了，但神智清醒，他温言询问徐光启教了些什么，朱由校当然回答是《礼记》，并高度赞扬了徐光启，顺便感谢皇帝爷爷对自己学习的关心。
郑贵妃在旁边服侍着，朱由校偷偷观察，发现她看向太子的目光很复杂，有时憎恶，有时乞怜，有时畏惧，对朱由校她倒是不大在意，看他时是虽不温和也不冰冷的眼神。
这天晚上，兵科给事中杨涟的府上，气氛比较凝重。左光斗，周嘉谟，刘一燝，韩爌，加上主人一共五个人。皇帝这次病情较重，他们觉得应该商量一下以后的事了。
左光斗第一个发言：“其实皇上病重，根本没有什么问题，文孺有点小题大做了吧。现在太子位置稳固，福王早已就藩，太子继位对我们东林一脉自然是好事。”
周嘉谟说道：“太子位置，我东林人出了大力，太子登基，当可使我东林人占据大量位置，这是好事呀。”
杨涟皱眉道：“只怕郑贵妃还不死心，如果突然出个遗诏，要福王继位，那我们就只能白瞪眼了。所以我觉得两件事比较重要，一是结好内官，太子的伴读王安，忠于太子，可以让他在宫内活动，不让郑贵妃隔绝中外，二是内阁，我们要去找方从哲，让他经常带大臣去见皇上，这样郑贵妃就出不了什么妖蛾子了。”
韩爌赞成道：“这样才能万无一失，太子上位，当会重用东林党人了。”
众人又就具体的作法商量了一会，然后才各自回家。一想到太子登基以后东林掌握大权的美妙景象，都恨不得皇上立即升天的好。
第二天，杨涟和左光斗找到了王安。王安本来是太子朱常洛的伴读，他当然希望太子登基，所以双方一拍即合，王安保证会让太子有机会见到皇上，不让郑贵妃有做手脚的机会，杨涟和左光斗则保证太子登基后，保他为司礼监秉笔太监。出了宫门后，杨涟笑道：“阉人都不可靠，且先与他虚与委蛇，不可让他有机会做大。”左光斗连连点头，文官一般都不相信内臣，但又没有办法离开内臣，这是一个很矛盾的事。