信长见三木、有冈城陆续平定，乃传令佐久间信盛，强攻本愿寺，老幼不留。森兰丸闻讯，哭哭啼啼跑来了：「我不要任何赏赐了，只求主公恩准本愿寺投降，否则我的母亲就要自杀，那我也不活了!」
原来森兰丸之母乃是虔诚佛教徒，得知信长即将灭亡本愿寺，竟想以身殉教。信长见他如此伤心，有些不忍。光秀趁机劝道：「和本愿寺持续争斗，并非良策，应该劝降他们，再反过来利用本愿寺，压制一向宗的暴动兵。」
信长皱眉：「但显如固执不通，就算我想谈和，那秃驴会接受吗?」
光秀说：「我去请朝廷颁佈特赦令，对方既然是本愿寺法主，总不能违背天皇懿旨吧!何况本愿寺失去毛利与上杉做后盾，应该会接受合解。」
信长倒是爽快：「好，只要本愿寺放下武器，退离大阪，永不干政，便饶他们一命!」
本愿寺五大老收到令旨，聚在佛堂商议此事。下间赖廉说：「朝廷下达特赦令，要我们与信长讲和，同时退出本愿寺，不知法主意下如何?」
显如想起东面的石山御坊在柴田胜家进攻下，几近沦陷，不禁叹息：「谦信已死，海路补给线又被切断，看来不撤退是不成了!」
教如昂然喊道：「父亲、诸位，万万别丧气!我们怎能屈服在佛敌信长之下，这还有何面目面对天下人?」
显如说：「为了面子而继续毫无胜算的战争，最终仍会被消灭，还是放弃本愿寺吧!」教如说：「如果父亲想离开，那就离开，我会留下来和信长决一死战!」
显如撤离后，教如集结一向宗门徒，持续抵抗，苦撑四个月后，终于力不从心，撤往杂贺。随后，本愿寺在一场无名大火中化为灰烬，长达十年的石山战争，就此落幕。信长挟带胜利之威，令显如说降一向宗，奠定了一统天下的基础。
信长平定摄津后，召见群臣，眾人以为他要大赏功臣，喜孜孜前来会合，岂知信长郑重宣佈：「本愿寺的问题已经解决，现在该是明定赏罚的时候了。首先，我要通告几名罪臣，第一位是林秀贞，二十四年前，你曾经谋反，我宽容至今，已忍无可忍，决定将你放逐!」
林秀贞极力为自己辩解，惹得信长更加不高兴：「你虽是织田家老，却恃功而骄，办事不力，无法达成使命。饶你性命，已是宽宏大量，好好反省吧!」
柴田胜家见林秀贞伏罪，唯恐受到牵连。信长的眼神却掠过了他，停在佐久间身上：「接下来是佐久间信盛，你父子视财如命，只顾堆积金银，却不尽心办事，织田有这般无能之臣，还谈什么争霸天下?我这就将你流放高野山，出家为僧!」