熊廷弼就任辽东经略后，他一眼就看出王化贞防线布置不妥，力量太过分散，他要求王化贞改换布置，全力坚守广宁。
王化贞对熊廷弼的安排很不服气。明军的援兵抵达广宁以后，王化贞给他们命名为平辽军。熊廷弼认为平辽军的名称不妥，会损伤辽东本地人心，建议改为征东军。这件事王化贞更不满意。王化贞认为熊廷弼瞧不起他，是在故意损坏他的威信。王化贞总想主动出击，尽快平定辽东。熊廷弼却主张防守反击。一来二去，两人矛盾越来越深。
天启元年年底，内阁首辅方从哲告老还乡。王化贞的老师，东林党人叶向高升任首辅。在朝中东林党的全力支持下，王化贞拿到前线指挥权，彻底不再听从熊廷弼的指挥。
天启二年二月，王化贞无视熊廷弼要他坚守广宁的命令，悍然发动广宁战役。他梦想策反后金大将李永芳，一举击败后金。可他没想到，他身边的亲信将领孙得功却是后金的奸细，他的一举一动后金都了如指掌。他的美梦正是孙得功帮忙编织的。结果，王化贞美梦破灭，广宁战役明军惨败，王化贞也差一点当了俘虏。缺兵少将的熊廷弼，直接下令放弃关外撤回山海关。
孙承宗调查后认为，虽然是迫不得已，但熊廷弼不战而退，擅自放弃关外大片土地也有错误，应负次要责任。给事中明时举、御史李达招兵失当也有责任。辽东巡按方震孺、登莱监军梁之垣、蓟州兵备邵可立在战争期间举止失当，引起驻军惊慌也当受罚。
至于辽东经略王在晋制定的，在山海关外八里铺修建新城的计划，更被孙承宗全部否决。孙承宗认为，明军应该趁后金撤兵，返回辽沈休养生息之际，前出山海关，把防线推到宁远一线，沿途修建工事，以守代攻，伺机收复锦州，把后金锁死在辽东大地。
孙承宗调查中敏锐的发现，现在的明军，已经完全失去了与后金军野战的能力。基于这个认识，他也为熊廷弼的决断暗中叫好。孙承宗认为，尽管当初熊廷弼不经朝廷同意，就断然撤退，在政治上是错的。可如果没有熊廷弼撤走所有溃兵、难民，带走了所有的物资，也许后金已经把战火烧到山海关了。正因为后金在关外几百公里范围内，找不到任何补充资源，才会黯然撤兵。
不过，孙承宗是绝不赞成熊廷弼完全放弃关外，屯兵山海关、登莱和皮岛，伺机三路攻击后金的方略。他认为，现阶段明军已经无力野战。勉强发动攻势，只会重演萨尔浒之败。
如果没有攻势，只固守山海关，那等到后金消化完广宁之战的战果后，他将完全占据关外。那个时候山海关和皮岛相距过远，根本无法形成有效配合。山海关离京师实在太近了，一旦有失将会天下震动。大明是天子守国门，可也不能让天子去天天守着国门啊。熊廷弼政治方面不太及格。
孙承宗的完美构想是，趁后金退兵修养之际立即前出抢占宁远。依靠宁远、觉华岛建立一条防线，把防线前推到200里外，确保山海关的战略纵深。沿途建立遥相呼应的战略据点，以守代攻，逼后金来攻击我坚固防线，依靠防线击杀后金有生力量。先逐步打造一支可以野战的部队。再依托防线慢慢推进，依靠国力把后金的战争潜力慢慢耗尽。
孙承宗知道，这个计划消耗会很大，会对国家造成很大负担，可他实在找不到速胜的方法。万历末期开始的激烈党争，对国家已经造成了很大的破坏。对主帅的掣肘，更是开了很坏的先河。孙承宗只希望自己的计划能够挽回国家的颓势。
当夜，才回京的孙承宗被天启皇帝赐宴。宴后，孙承宗与天启皇帝彻夜长谈。孙承宗自请担任辽东督师。此去辽东，60岁的孙承宗就是抱着以死报国的决心。死，他倒不怕，但孙承宗害怕朝中激烈的党争会毁了他的计划，他的心血。