《聚魂棺》讲述了杰克船长由于欠下了“飞翔的荷兰人号”船长戴维·琼斯的血债，为了还债获得自由身，杰克与其他几方势力共同争夺拥有巨大魔力的聚魂棺的故事。
“飞翔的荷兰人号”是一艘魔法船，上面的船员全部因为诅咒而成为了船长戴维·琼斯的奴隶，听从他的号令。而想要摆脱戴维·琼斯的诅咒，那就只有一个办法，找到名为聚魂棺，具有强大魔力的宝物。
刘红民将《聚魂棺》分为了几个故事：
戴维·琼斯的血债——讲述了杰克船长为了找回黑珍珠号，与第比斯海的统治者、海中魔王戴维·琼斯做了一笔交易。只要他可以找回黑珍珠号，那么他就要将灵魂交给戴维·琼斯。
中止的婚礼——威尔·特纳和伊丽莎白的婚礼被皇家海军破坏，皇家海军统领拜科特将伊丽莎白关进监狱。威尔·特纳为了营救心爱之人，不得不和拜科特达成协议，用杰克船长的魔法罗盘来换取伊丽莎白的平安。
海岛奇兵——杰克船长为了搜索聚魂棺放线索，偷偷上了“飞翔的荷兰人号”，结果被威尔·特纳的父亲比尔·特纳发现，被比尔·特纳在留上留下了印记，成为了章鱼怪的目标。
他不得不逃到海岛之上，然后再遇到了食人族，靠着装神弄鬼才得以活命。威尔·特纳找了过来，两人联合起来才逃脱食人族的追杀。
为了寻找钥匙，他们去找了女巫，得到了不死人的坐标。然后杰克船长将威尔·特纳当做抵押，再次和戴维·琼斯达成了交易。
夺宝之战——杰克为了招募船员，来到了一个小岛。在这里遇到了皇家海军和伊丽莎白。拜科特急于立功，让杰克船长有了可乘之机。杰克船长利用伊丽莎白使用魔法罗盘，找到了聚魂棺的位置。
另一边，威尔·特纳则偷到了戴维·琼斯的钥匙。戴维·琼斯察觉这是杰克船长的阴谋，立即赶往了藏宝地。
两拨人在此相遇，在藏宝地来了一场大乱斗。特别是杰克船长、威尔·特纳以及拜科特三人在滚动的木轮上的混战，是整本书最大的两点。
各种阴谋阳谋下，杰克被章鱼怪吞噬，伊丽莎白和船员们离开，心脏则被司令官带走交给了皇家海军。
伊丽莎白等人认为杰克船长已死，女巫却告诉众人可以去找回杰克船长，并且为他们推荐了一位船长，竟然第一部中死掉的巴博萨船长。
死亡世界——巴博斯带领众人前往死亡世界，渡过冥河的时候，众人看到了众多灵魂前往死亡世界。伊丽莎白看到了父亲的灵魂，想要拯救父亲却办不到。
众人找到了杰克船长，但是杰克船长已经不再相信他们。在不信任之下，他们达成了协议，一起从死亡世界逃出去。
海上霸主——拜科特拿到了聚魂棺，用聚魂棺中的心脏威胁戴维·琼斯。靠着强大“飞翔的荷兰人号”，拜科特很快成为了海上霸主。他在海上四处打击海盗，迫使海盗们联合起来，和拜科特对抗。
巴博萨靠着救命之恩，让杰克船长参加海盗大会。但是还没有成行，黑珍珠号就遭遇到了皇家海军。杰克船长不得不逃走，然后伺机夺回黑珍珠号的控制权。
拜科特也听说了海盗要举行大会，于是就派威尔·特纳去当卧底。
在海盗大会上，巴博萨利用九大海盗的信物，成功的唤醒了沉睡海洋女神吕普索。吕普索庞大的身躯，根本就不是戴维·琼斯可以抗衡的。
最后决战——杰克船长趁机发起进攻，黑珍珠号和飞翔的荷兰人贴近厮杀，最终靠着封印了吕普索之后留下来的大漩涡，成功登上了飞翔的荷兰人号。威尔·特纳重伤濒死，杰克船长夺取了心脏，让威尔·特纳成为了飞翔的荷兰人号的新船长。
(本章完)