第二部: 研究生物武器的在战场上的使用，特别是在传播细菌和寄生虫的设备的研究方面。部长太田澄大佐。下设一个分部，下属一个航空班和在鞠家窑的安达特别实验场
八木泽班(植物菌):研究植物菌。班长八木沢行正陆军技师。
大田班(消毒):班长大田大佐。
第三部: 生产容纳生物战剂的炮弹，驻扎在哈尔滨。部长江口中佐，下设两个工厂，主要是陶瓷弹壳制造厂，用于生产"石井式"陶瓷细菌弹。还有一个运输班。
第四部: 生产各种生物战剂，部长川岛清少将。下设4课进行各证细菌的生产。
第1课
柄泽班:细菌制造 班长柄泽十三夫军医少佐
野口班:生产鼠疫菌和炭疽菌。班长野口圭一
第2课:研究干燥菌和疫苗。负责人三谷幸雄
第3课:研究干燥菌和疫苗。
第4课(疫苗)
植村班:生产瓦斯坏疽菌和炭疽菌。班长植村肇
有田班:生产斑疹伤寒及疫苗。班长有田正义军医少佐
朝比奈班:班长朝比奈正二郎陆军技师
第五部: 训练教育部，部长园田太郎大佐，后由西俊英军医中佐接任。负责培训从事细菌武器，细菌战的人才。
第六部: 装备部，部长大谷少将。 负责器材，设备的供应。
第七部: 诊疗部，部长永山大佐。负责细菌感染的预防和日本人的医疗。
第八部: 总务部，部长中留金藏中佐，后由太田澄军医大佐兼任。负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，。
石井的细菌部队(659部队)除了平房本部(731部队)外，还有4个支队:
162部队(林口支队):设于林口县，支队长西俊英军医中佐，后由榊原秀夫军医少佐接任。