资料显示政变发生仅四天之后，美丽国当时驻爪哇大使马歇尔·格林就表示希望军方能够利用1965年9月30日六名将军被杀的机会，指控爪哇共产党阴谋夺权并控制爪哇 。
尽管格林并不确定爪哇共产党是否参与了事件，但他于1965年10月5日发给华盛顿的电报中，仍强调军队必须行动果敢:"不管是何背景……军队控制着局势，它拥有诸如报纸、电台、电视等重要的权力工具。
它还掌握了六名高级将领被杀的原因，如果军队想利用这一点的话就可以加以利用。
它已经开始这样做……除了爪哇共产党和他们的随从，穆斯林团体和其它人都站在军队一边……如果行动神速的话，军队现在具有击败爪哇共产党的大好时机……被害将军尸体的发现，使上述汹汹势头达到了高峰。总而言之，机不可失，时不再来 ……"
在1965年10月15日另一份要求转呈美丽国情报机构的电文中，格林强调需要进一步进行反共宣传:"在所有媒体通过不断重复的事实，将目前这场恐怖事件联系起来将绑架并杀害高级将领的手法同北越在南越村庄中杀害村长的事件联系起来 。"
两天后，美丽国助理国务卿邦迪在同袋鼠国外交代表团会见时一起讨论了爪哇局势和军队应采取的战略。
随后在北苏门答腊省发生了大规模反共流血事件。当地一个同军队有联系的穆斯林青年组织四处搜寻并屠杀共产党青年组织的领导人，他们还开始在棉兰和其它北苏门答腊城市袭击华人中的共产党人，大批华人遭到虐打，房屋、商店被焚烧。
在亚齐省，穆斯林狂热分子几乎袭击了当地所有的共产党人，一些亚齐暴徒甚至将人杀死后，将他们的头颅割下挂在道路两旁的柱子上 。
在清共过程中，军方还将目标对准了苏加诺的总统权力。
1966年3月11日，3名将领来到苏加诺的茂物行宫，迫使苏加诺签署所谓的"三一一命令"，把行政权力移交给苏哈托。
1967年3月12日，军方操纵的临时人民协商会议一致通过撤销对苏加诺总统的任命，剥夺其所有职权。
苏哈托也开始了他对爪哇长达30多年的铁腕统治
1965年那场屠杀将苏哈托带到了爪哇权力的巅峰，在当时的国际形势下亲美反共成了他对内实现爪哇民族的认同，对外提升国际地位的快速途径。而当时正值龙国大陆处在特殊时期。
爪哇军方将龙国大陆视为爪哇共产党的后盾，"9·30"事件因此被祸水东引到了华人身上。
其间爪哇军方曾诬称有9名大雅族(印尼高山原住民)耆老被华人所杀，挑拨大雅族对华人的仇视。
报仇心切的大雅人，在许多华人住所前放置盛有鸡血或狗血的红色土碗。
这就是大雅人复仇的记号 。
美丽国中央情报局曾把这段悲剧称为"20世纪最惨的集体谋杀"，具体罹难人数迄今没有确切数据。
据中情局后来的调查报告，截止1966年4月，大量华人被屠杀。具体数字已无法查证了。